linux - 删除空格 comm 输出

Question

我有两个 ID 列表，我正在使用 comm 命令进行比较。我的问题是输出看起来像这样:

YAL002W
YAL003W
        YAL004W
        YAL005C
                YAL008W
        YAL011W

我想做的就是尝试以某种方式对其进行管道传输，以便在写入文件时不带空空间，当我在 excel 中打开此文件时，它会转换为白色单元格。我已经尝试了我发现的所有可能的 grep、awk 和 sed 组合来删除空格而没有运气......
所以我得出的结论是列分别由一个或两个制表符分隔，因此我不能删除它们就像删除空格一样容易，而不删除文件的格式。

欢迎任何帮助或建议。谢谢

编辑:

我希望我的输出是三列，制表符分隔，没有空格

YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C
        YAL011W

EDIT2 避免引用的 XY 问题:

原始问题 (X):我必须列出并且我想在两个列表之间找到常见的和独特的词(稍后生成维恩图)。所以 comm 似乎是完美的解决方案，因为我同时获得了所有三个列表，稍后我可以轻松地将其导入 excel。

次要问题(Y):生成的三列不是三列(或者我开始这么想)因为我不能cut -f他们，我也不能使用通常的 awk 'NF' 或 grep . 删除空格(例如)。

Answer 1

给定此输入和 comm 输出:

$ cat file1
YAL002W
YAL003W
YAL008W

$ cat file2
YAL004W
YAL005C
YAL008W
YAL011W

$ comm file1 file2
YAL002W
YAL003W
        YAL004W
        YAL005C
                YAL008W
        YAL011W

这将完成您的要求:

$ cat tst.awk
BEGIN { FS=OFS="\t" }
{
    colNr = NF
    rowNr = ++rowNrs[colNr]
    val[rowNr,colNr] = $NF
    numCols = (colNr > numCols ? colNr : numCols)
    numRows = (rowNr > numRows ? rowNr : numRows)
}
END {
    for (rowNr=1; rowNr<=numRows; rowNr++) {
        for (colNr=1; colNr<=numCols; colNr++) {
            printf "%s%s", val[rowNr,colNr], (colNr<numCols ? OFS : ORS)
        }
    }
}

.

$ comm file1 file2 | awk -f tst.awk
YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C
        YAL011W

但当然你可以跳过对 comm 的调用并立即使用 awk:

$ cat tst.awk
BEGIN { FS=OFS="\t" }
NR==FNR {
    file1[$0]
    next
}
{
    if ($0 in file1) {
        colNr = 3
        delete file1[$0]
    }
    else {
        colNr = 2
    }
    rowNr = ++rowNrs[colNr]
    val[rowNr,colNr] = $0
}
END {
    for (v in file1) {
        colNr = 1
        rowNr = ++rowNrs[colNr]
        val[rowNr,colNr] = v
    }

    numRows = (rowNrs[1] > rowNrs[2] ? rowNrs[1] : rowNrs[2])
    numRows = (numRows   > rowNrs[3] ? numRows   : rowNrs[3])
    numCols = 3
    for (rowNr=1; rowNr<=numRows; rowNr++) {
        for (colNr=1; colNr<=numCols; colNr++) {
            printf "%s%s", val[rowNr,colNr], (colNr<numCols ? OFS : ORS)
        }
    }
}

.

$ awk -f tst.awk file1 file2
YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C
        YAL011W