java - 生物信息学——需要获取ATOMS序列

Question

我在 BioJava 中搜索一种方法以从 PDB 文件中获取 Atom 序列。我看了 BioJava API，但对于 getAtomSequence() 它捕获了氨基酸。我在 BioJava 中尝试了其他几种方法，但都没有达到我想要的效果。

有人可以帮我吗？

谢谢

Answer 1

我解决了...感兴趣的解决方案:

try{

        PDBFileReader read=new PDBFileReader();
        Structure pdb=read.getStructure(filename);
        System.out.println("PDB code :"+pdb.getPDBCode());

        List chains=Collections.synchronizedList(new ArrayList());
        chains=pdb.getChains();

        for(Iterator iter=chains.iterator();iter.hasNext();){
        Chain c=(Chain)(iter.next());
        System.out.println("Chain :"+c.getName()+"\n"+"Seq aa :"+c.getAtomSequence());
        for(int j=0;j<c.getAtomLength();j++){
            for (int k=0; k < c.getAtomGroup(j).size(); k++ ){
            Atom a=c.getAtomGroup(j).getAtom(k);
            System.out.println("Name : "+a.getName()+" X : "+a.getX()+" Y : "+a.getY()+" Z : "+a.getZ());
            }
        }