c++ - Rcpp:无法加载共享对象， undefined symbol

Question

我正在尝试使用 Rcpp 来扩展 BayesOpt 的功能C++ 库到 R。我是 R 的长期用户，但对 C++ 比较陌生，我遇到了一些问题。我已经按照 Rcpp vignettes 设置了一个包，我知道这是引入外部 C++ 库的最佳方式。

我已经将 src/Makevars 中的 PKG_CPPFLAGS 和 PKG_LIBS 设置为 BayesOpt 包含文件夹和库，并且我在 src/中有一个 .cpp 文件(称之为 test.cpp)，它使用 #include 来获取 BayesOpt 中的一些头文件.在这个文件中，我在要导出的函数上方有 //[[Rcpp::export]]。

当我运行 R CMD check mypackage 时，该库似乎运行成功——查看日志，一切顺利，直到它尝试加载刚刚“安装”的包。然后，我得到

** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/home/me/p3/mypackage.Rcheck/mypackage/libs/mypackage.so':
   /home/me/p3/mypackage.Rcheck/mypackage/libs/mypackage.so: undefined symbol: _ZTIN8bayesopt13DiscreteModelE

在错误日志中。 回声_ZTIN8bayesopt13DiscreteModelE | c++filt 为 bayesopt::DiscreteModel 提供 typeinfo，这是我的 test.cpp 文件中第一个使用 BayesOpt header 的对象。我四处寻找解决方案，但似乎找不到。我想相信 Makevars 正确指向库，因为它能够在第一次安装检查期间找到头文件——只有在加载候选包时我才会收到这个 undefined symbol 错误。我看过一个使用外部库的 Rcpp 示例，但是 Dirk 在我看过的答案中指出的那个 RcppGSL 有一个 3500 多行的配置脚本，用于填充 Makevars，并且有点难以解析。

我将不胜感激任何人的帮助——我最后的办法是将所有内容转储到 src 中，但对于一个已经组织得井井有条的库来说，这似乎很麻烦而且不够优雅。

Answer 1

不要看自动生成的 configure 脚本——看 configure.ac 这是它的源代码，它是 5 行的全部问题(见下文)加上可能 5 行设置和完成。

简而言之，您可能只需要为 header (通过-I...)和链接(通过-L...-l...)加载值)。

为此，我们在 src/Makevars.in 中执行此操作:

# set by configure
GSL_CFLAGS = @GSL_CFLAGS@
GSL_LIBS   = @GSL_LIBS@

# combine with standard arguments for R
PKG_CPPFLAGS = $(GSL_CFLAGS) -I../inst/include
PKG_LIBS = $(GSL_LIBS) 

@GSL...@ 表示的两个变量都是通过configure 和configure.ac 设置的(本质上)只是调用gsl-config 在断言我们拥有它之后:

## Use gsl-config to find arguments for compiler and linker flags
##
## Check for non-standard programs: gsl-config(1)
AC_PATH_PROG([GSL_CONFIG], [gsl-config])
## If gsl-config was found, let's use it
if test "${GSL_CONFIG}" != ""; then
    # Use gsl-config for header and linker arguments
    GSL_CFLAGS=`${GSL_CONFIG} --cflags`
    GSL_LIBS=`${GSL_CONFIG} --libs`
else
    AC_MSG_ERROR([gsl-config not found, is GSL installed?])
fi

在过去十年左右创建的许多其他库都使用一个类似(但更通用)的工具，称为 pkg-config，它具有相同的目的:将编译和链接器标志传递给使用该库的程序.

而你确实两者都需要，你的评论

I would like to believe that the Makevars points at the library correctly, because it is able to find the header files during the first installation check

表示您已经整理好汇编，但没有您图书馆的链接或系统提供。同样，对于 RcppGSL，构建期间的最后一行如下(为简洁起见进行了编辑)

g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -o RcppGSL.so \
 RcppExports.o fastLm.o setErrorHandler.o \
 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lgsl -lgslcblas \
 -lm -L/usr/lib/R/lib -lR

它将三个源文件与两个 GSL 相关库以及 R 和数学库链接起来。您必须在构建中看到类似的东西，否则设置不正确。

编辑:如果您将 BayesOpt 捆绑在您的包中，那么您需要将其构建到一个静态库中并将其列在 src/Makevars。这是一个不同的用例:对于 RcppGSL，我们寻找一个 system GSL 安装。地方不一样。您可以研究处理这两种情况的 nloptr 包。