linux - 多个用户使用的 Linux 服务器上的 R 包安装位置？

Question

我们在 AWS 托管的 CentOS Linux 服务器上运行 RStudio Server。我们在服务器上有多个用户，每个用户都使用 RStudio Server。我们希望为所有用户提供一个通用路径来安装软件包，以便:

1. 每个用户不需要为他们的 RStudio 用户配置文件安装每个包
2. 如果一个人更新一个包，那么每个用户都将使用更新后的包

执行此操作的最佳程序是什么？

我提出的解决方案如下，但失败了:

保存我现有用户包的列表:

> save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
> save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")

删除用户包:

> remove.packages(save.pkg.list)

然后，我的想法是将 save.pkg.list 中的软件包安装到根目录下的文件夹中。已经有一个似乎是共享文件夹 /usr/share/R/library，它在我的库路径中包含一个包:

.libPaths() [1] "/home/ursus/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1" "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"

为了测试它，我尝试将一个包安装到共享文件夹中，看看服务器上的其他用户是否可以在他们的 R 实例中使用它。安装失败，很可能是因为它在 root 下，我假设我需要使用 sudo 权限(我拥有)但不确定如何将这些权限传递给 R 以进行软件包安装过程:

install.packages("dlm", lib = "/usr/share/R/library") Warning in install.packages : 'lib = "/usr/share/R/library"' is not writable

最后，我假设需要对 R_LIBS_SITE 和 R_LIBS_USER 环境变量或类似的东西进行一些更改，以控制默认包安装/加载行为。但是，我还没有。

Answer 1

我从来没有尝试过这个，但我不明白为什么这行不通:

您可以使用 .libPaths() 来设置库目录(不仅仅是获取它)，那么为什么不让每个人都使用一个所有人都可写的公共(public)目录作为 libpath？每个用户都可以在他们的 .Rprofile 中放入类似

的内容

.libPaths( c(.libPaths(), "/path/to/shared/lib") )

然后该路径将成为每个人安装/检索包的默认位置。

这种方法的一个问题是人们仍然拥有每个人的原始 libPath，因此如果他们尝试更新现有包，它会更新他们自己的版本。您可以通过将 libpath 设置为仅新路径而不是附加到它来克服这个问题。

请注意，这有时会产生不良后果，有时 A 的代码依赖于某个版本的包，然后 B 更新包，然后 A 5 分钟后再次运行他的代码，突然间它崩溃了，他们完全不知道为什么。