r - 在 Anaconda Jupyter 笔记本中为 RKernel 指定 R 库路径

Question

首先，让我先声明一下，我是 R 的新手，但却是 Python 的资深用户。鉴于我喜欢 conda 生态系统和 Jupyter notebook，我也在尝试将它们设置为我的 R 开发环境。

因此使用位于:https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r 的说明我已经设置了一个使用 RKernel 的 Jupyter Notbook，它应该安装在我的 Anaconda 文件夹中的 R 安装(无论如何我都会这么想)。

设置它很容易，一切都适用于标准 R 东西，但我的分析需要一些 R 库，这些库在 r-essentials channel 中不可用。没问题，我想我知道如何安装 R 库。我转到“C:\Anaconda\R\bin\x64\Rgui.exe”并安装 rgdal、dismo 和其他一些软件包。为了检查我的工作，我查看了 C:\Anaconda\R\library，它们就在那里。

但是当我从 Anaconda 命令提示符运行 jupyter notebook 时。并启动一个新的 R 笔记本我得到一个“库错误(dismo):没有名为'dismo'的包”等一下，我从笔记本运行一个“.libPaths()”，它看起来像它指向

Answer 1

您可以在笔记本开头的代码单元中添加 .libPaths('path_where_your_packages_are') 以告知 jupyter 您的包在哪里。对我来说，那是 .libPaths('~/R/win-library/3.2')(来自在 github 上提交 this issue 的 discnerd 的变通方法)。

要找出包的路径，只需在 R 中安装一个随机包，然后等待该位置被打印到控制台。

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更多详细信息(可能特定于我的系统/安装):在 R 中运行 .libPaths() 时，我得到了 2 个位置:一个需要管理员权限才能写入，另一个写作不需要管理员权限。通过 R 安装的包位于不需要管理员权限的位置，而 jupyter 会查看需要管理员权限的位置。