mysql - 在 oracle 中插入 pandas dataframe 非常慢

Question

我正在处理 pandas 数据帧。我的应用程序的目标是对 csv 文件执行某些分析，完成后，将此 csv 文件插入 oracle 数据库。

为了插入 oracle 数据库，我使用了 pandas 库的 to_sql 命令。但是要插入 300,000 行，我的代码大约需要 2 小时 10 分钟。然而，当我使用 MySQL 数据库进行相同的分析和相同大小的输入数据时，只用了 90 秒。

我在 lubuntu VM 中执行所有操作。作为引用，您可以在下面找到相关代码。

data_frame.to_sql(name='RSA_DATA', con=get_engine(), if_exists='append',
                           index=False, chunksize=config.CHUNK_SIZE)
input_data_list = get_rsa_object_list(data_frame)

我对这两种情况使用了相同的 CHUNK_SIZE(设置为 500)。

有人可以建议这可能是什么原因吗？我该如何解决这个问题？我无法将我的数据库系统从 oracle 更改为任何其他数据库。我使用 MySQL 只是为了确保问题不在于我的代码。

提前致谢。

以下是 Oracle 数据库的 CREATE TABLE 命令:

  CREATE TABLE "CRISDEV"."RSA_DATA" 
   (    "GENE_SYMBOL" VARCHAR2(50 BYTE), 
    "GENEID" NUMBER, 
    "CRISPR" VARCHAR2(75 BYTE), 
    "RSASCORE" NUMBER, 
    "LOGP" NUMBER, 
    "BEST_ACTIVITY" NUMBER, 
    "RSA_HIT" NUMBER, 
    "HIT_PER_GENE" NUMBER, 
    "TOTAL_CRISPRS" NUMBER, 
    "RSA_RANK" NUMBER, 
    "SAMPLE_NAME" VARCHAR2(10 BYTE), 
    "FOLD_CHANGE" NUMBER, 
    "EXPERIMENT_NUM" NUMBER, 
    "CELL_LINE" VARCHAR2(75 BYTE), 
    "CRISPR_LIB" VARCHAR2(75 BYTE), 
    "CRISPR_LOT" VARCHAR2(25 BYTE), 
    "CAS9_VENDOR" VARCHAR2(50 BYTE), 
    "CAS9_LOT" VARCHAR2(25 BYTE), 
    "CRISPR_INFECT_DATE" DATE, 
    "CAS9_INFECT_DATE" DATE, 
    "CAS9_MOI" NUMBER, 
    "FTE" VARCHAR2(50 BYTE), 
    "SAMPLE_NAME_LONG" VARCHAR2(150 BYTE), 
    "INDICATION" VARCHAR2(100 BYTE), 
    "LOW_CRISPR_COUNT" NUMBER DEFAULT 0, 
    "MODIFICATION" VARCHAR2(20 BYTE), 
    "TIMEPOINT" VARCHAR2(10 BYTE)
   ) SEGMENT CREATION IMMEDIATE 
  PCTFREE 10 PCTUSED 40 INITRANS 1 MAXTRANS 255 
 NOCOMPRESS LOGGING
  STORAGE(INITIAL 65536 NEXT 1048576 MINEXTENTS 1 MAXEXTENTS 2147483645
  PCTINCREASE 0 FREELISTS 1 FREELIST GROUPS 1
  BUFFER_POOL DEFAULT FLASH_CACHE DEFAULT CELL_FLASH_CACHE DEFAULT)
  TABLESPACE "CRISDEV_DATA" ;

  CREATE INDEX "CRISDEV"."C20150312_RSA_CELLLINE" ON "CRISDEV"."RSA_DATA" ("CELL_LINE") 
  PCTFREE 10 INITRANS 2 MAXTRANS 255 COMPUTE STATISTICS 
  STORAGE(INITIAL 65536 NEXT 1048576 MINEXTENTS 1 MAXEXTENTS 2147483645
  PCTINCREASE 0 FREELISTS 1 FREELIST GROUPS 1
  BUFFER_POOL DEFAULT FLASH_CACHE DEFAULT CELL_FLASH_CACHE DEFAULT)
  TABLESPACE "CRISDEV_IDX" ;

  CREATE INDEX "CRISDEV"."C20150312_RSA_CRISPRLIB" ON "CRISDEV"."RSA_DATA" ("CRISPR_LIB") 
  PCTFREE 10 INITRANS 2 MAXTRANS 255 COMPUTE STATISTICS 
  STORAGE(INITIAL 65536 NEXT 1048576 MINEXTENTS 1 MAXEXTENTS 2147483645
  PCTINCREASE 0 FREELISTS 1 FREELIST GROUPS 1
  BUFFER_POOL DEFAULT FLASH_CACHE DEFAULT CELL_FLASH_CACHE DEFAULT)
  TABLESPACE "CRISDEV_IDX" ;

  CREATE INDEX "CRISDEV"."C20150312_RSA_GENEID" ON "CRISDEV"."RSA_DATA" ("GENEID") 
  PCTFREE 10 INITRANS 2 MAXTRANS 255 COMPUTE STATISTICS 
  STORAGE(INITIAL 65536 NEXT 1048576 MINEXTENTS 1 MAXEXTENTS 2147483645
  PCTINCREASE 0 FREELISTS 1 FREELIST GROUPS 1
  BUFFER_POOL DEFAULT FLASH_CACHE DEFAULT CELL_FLASH_CACHE DEFAULT)
  TABLESPACE "CRISDEV_IDX" ;

  CREATE INDEX "CRISDEV"."C20150312_RSA_GENESYMBOL" ON "CRISDEV"."RSA_DATA" ("GENE_SYMBOL") 
  PCTFREE 10 INITRANS 2 MAXTRANS 255 COMPUTE STATISTICS 
  STORAGE(INITIAL 65536 NEXT 1048576 MINEXTENTS 1 MAXEXTENTS 2147483645
  PCTINCREASE 0 FREELISTS 1 FREELIST GROUPS 1
  BUFFER_POOL DEFAULT FLASH_CACHE DEFAULT CELL_FLASH_CACHE DEFAULT)
  TABLESPACE "CRISDEV_IDX" ;

  CREATE INDEX "CRISDEV"."C20150312_RSA_SAMPLELONG" ON "CRISDEV"."RSA_DATA" ("SAMPLE_NAME_LONG") 
  PCTFREE 10 INITRANS 2 MAXTRANS 255 COMPUTE STATISTICS 
  STORAGE(INITIAL 65536 NEXT 1048576 MINEXTENTS 1 MAXEXTENTS 2147483645
  PCTINCREASE 0 FREELISTS 1 FREELIST GROUPS 1
  BUFFER_POOL DEFAULT FLASH_CACHE DEFAULT CELL_FLASH_CACHE DEFAULT)
  TABLESPACE "CRISDEV_IDX" ;

  CREATE INDEX "CRISDEV"."C20150312_RSA_SAMPLENAME" ON "CRISDEV"."RSA_DATA" ("SAMPLE_NAME") 
  PCTFREE 10 INITRANS 2 MAXTRANS 255 COMPUTE STATISTICS 
  STORAGE(INITIAL 65536 NEXT 1048576 MINEXTENTS 1 MAXEXTENTS 2147483645
  PCTINCREASE 0 FREELISTS 1 FREELIST GROUPS 1
  BUFFER_POOL DEFAULT FLASH_CACHE DEFAULT CELL_FLASH_CACHE DEFAULT)
  TABLESPACE "CRISDEV_IDX" ;

CREATE TABLE MySQL 命令如下:

CREATE TABLE `RSA_DATA` (
  `GENE_SYMBOL` varchar(50) DEFAULT NULL,
  `GENEID` int(11) DEFAULT NULL,
  `CRISPR` varchar(75) DEFAULT NULL,
  `RSASCORE` float DEFAULT NULL,
  `LOGP` float DEFAULT NULL,
  `BEST_ACTIVITY` float DEFAULT NULL,
  `RSA_HIT` int(11) DEFAULT NULL,
  `HIT_PER_GENE` int(11) DEFAULT NULL,
  `TOTAL_CRISPRS` int(11) DEFAULT NULL,
  `RSA_RANK` int(11) DEFAULT NULL,
  `SAMPLE_NAME` varchar(10) DEFAULT NULL,
  `FOLD_CHANGE` int(11) DEFAULT NULL,
  `EXPERIMENT_NUM` int(11) DEFAULT NULL,
  `CELL_LINE` varchar(75) DEFAULT NULL,
  `CRISPR_LIB` varchar(75) DEFAULT NULL,
  `CRISPR_LOT` varchar(25) DEFAULT NULL,
  `CAS9_VENDOR` varchar(50) DEFAULT NULL,
  `CAS9_LOT` varchar(25) DEFAULT NULL,
  `CRISPR_INFECT_DATE` date DEFAULT NULL,
  `CAS9_INFECT_DATE` date DEFAULT NULL,
  `CAS9_MOI` int(11) DEFAULT NULL,
  `FTE` varchar(50) DEFAULT NULL,
  `SAMPLE_NAME_LONG` varchar(150) DEFAULT NULL,
  `INDICATION` varchar(100) DEFAULT NULL,
  `LOW_CRISPR_COUNT` int(11) DEFAULT NULL,
  `MODIFICATION` varchar(20) DEFAULT NULL,
  `TIMEPOINT` varchar(10) DEFAULT NULL
);

Answer 1

对您的问题的几点评论:

1. 你可能想尝试不同的chunksize
2. Oracle/ExaData 端有 6 个索引，这当然会使其变慢
3. 检查您的 ExaData 在此加载操作期间是否正忙/重载以执行其他操作
4. 您可以尝试将数据加载到临时表中，然后将其复制到目标表中。如果您没有 [data guard/standby/streams/golden gate] - 您可能还想使用直接加载(无日志记录):insert/*+APPEND*/into ...
5. 我会分析此加载期间的等待事件(在 Oracle 端)，以了解您最多花在哪些地方