json - 从命令行静默运行 R，将结果导出到 JSON

Question

我如何从 shell(例如从 Node.js exec)调用 R 脚本并将结果导出为 JSON(例如返回到 Node.js)？

下面的 R 代码基本上可以工作。它读取数据、拟合模型、将参数估计值转换为 JSON，并将它们打印到标准输出:

#!/usr/bin/Rscript --quiet --slave
install.packages("cut", repos="http://cran.rstudio.com/");
install.packages("Hmisc", repos="http://cran.rstudio.com/");
install.packages("rjson", repos="http://cran.rstudio.com/");
library(rjson)
library(reshape2);

data = read.csv("/data/records.csv", header = TRUE, sep=",");
mylogit <- glm( y ~ x1 + x2 + x3, data=data, family="binomial");
params <- melt(mylogit$coefficients);
json <- toJSON(params);
json

这是我想从 Node 中调用它的方式...

var exec = require('child_process').exec;
exec('./model.R', function(err, stdout, stderr) {
   var params = JSON.parse(stdout);  // FAIL! Too much junk in stdout       
});

除了 R 进程不会停止打印到标准输出。我试过 --quiet --slave --silent 都有一点帮助，但还不够。这是发送到标准输出的内容:

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages
[1] "{\"value\":[4.04458733165933,0.253895751245782,-0.1142272181932,0.153106007464742,-0.00289013062471735,-0.00282580664375527,0.0970325223603164,-0.0906967639834928,0.117150317941983,0.046131890754108,6.48538603593323e-06,6.70646151749708e-06,-0.221173770066275,-0.232262366060079,0.163331098409235]}"

What's the best way to use R scripts on the command line?

按照下面的帖子运行 R --silent --slave CMD BATCH model.R 仍然会导致打印到 model.Rout 的大量无关文本:

Run R script from command line

Answer 1

这些选项只会阻止 R 自己的系统消息打印，它们不会阻止另一个 R 函数进行某些打印。否则你将停止打印最后一行并且你不会将你的 json 输出到标准输出!

这些消息来自 install.packages，所以尝试:

 install.packages(-whatever-, quiet=TRUE)

声称可以减少输出量。如果它将其减少到零，则工作完成。

如果没有，那么您可以使用 sink 重定向标准输出，或者在 capture.output 中运行。