r - 让 ggvis::export_png() 工作

Question

目标

将 ggvis 图导出为 PNG 文件(以包含在 .Rmd 文档中)。

问题

我对 Node.js 基本上一无所知，只是知道它很棒，我应该了解更多。

我得到了:

library(ggvis)
mtcars %>% ggvis(~mpg, ~wt) %>% export_png()
Writing to file plot.png
Guessing layer_points()

module.js:340
    throw err;
          ^
Error: Cannot find module 'd3'
    at Function.Module._resolveFilename (module.js:338:15)
    at Function.Module._load (module.js:280:25)
    at Module.require (module.js:364:17)
    at require (module.js:380:17)
    at Object.<anonymous> (/usr/local/src/vega/index.js:11:6)
    at Module._compile (module.js:456:26)
    at Object.Module._extensions..js (module.js:474:10)
    at Module.load (module.js:356:32)
    at Function.Module._load (module.js:312:12)
    at Module.require (module.js:364:17)

---

设置

平台

• OS X 小牛 (10.9.5)
• RStudio (0.98.945)
• 使用 devtools::install_github("hadley/ggvis") 安装 ggvis (0.3.0.9001) 和依赖项
• 克隆 https://github.com/trifacta/vega 到 /usr/local/src/vega
• 符号链接(symbolic link) ./bin/vg2png ->/usr/local/src/vega/bin/vg2png

session 信息()

sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     methods   base     

other attached packages:
[1] knitr_1.6        pander_0.3.8     ggvis_0.3.0.9001 lubridate_1.3.3  dplyr_0.2.0.9001 plyr_1.8.1       stringr_0.6.2    ggplot2_1.0.0    devtools_1.5    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] assertthat_0.1   bitops_1.0-6     caTools_1.17     colorspace_1.2-4 DBI_0.3.0        digest_0.6.4     evaluate_0.5.5   formatR_0.10     grid_3.1.0      
[10] gtable_0.1.2     htmltools_0.2.4  httpuv_1.3.0     httr_0.5.0.9000  jsonlite_0.9.11  lazyeval_0.1.1   magrittr_1.0.1   MASS_7.3-33      memoise_0.2.1   
[19] munsell_0.4.2    parallel_3.1.0   proto_0.3-10     Rcpp_0.11.2      RCurl_1.95-4.3   reshape2_1.4     RJSONIO_1.3-0    scales_0.2.4     shiny_0.10.1    
[28] tools_3.1.0      whisker_0.3-2    xtable_1.7-3    

Answer 1

需要固定一些移动目标才能让 ggvis 和 export_ 工具正常工作。

Vega 2+ 系列版本不接受 ggvis 为用于导出的 vg2XXX 命令生成的 json，因此 Vega 需要固定到 v1.5.4，这是 v1 系列的最后一个。问题是 nodejs 4.x+ 不会安装 vega@1.5.4 并且需要更新的 vega 版本。幸运的是我们可以使用 node version manager (nvm) 将 Node 版本固定到 Node 0.12.7，这允许我们安装 vega。

多么棒的 PITA，是吗？如果您在可编写脚本的容器(如 Rocker 容器)环境中执行此操作，则要容易得多。我一直在使用包含 this 的 Rstudio 设置包含这些相关行的 dockerfile...

RUN \
# Vega 2 doesn't accept the json ggvis generates when trying to use vg2XXX
# commands so vega needs to be pinned. nodejs 4.x wont install vega@1.5.4...
mkdir .local/lib/nvm; \
ln -s .local/lib/nvm .nvm; \
wget -qO- https://raw.githubusercontent.com/creationix/nvm/v0.29.0/install.sh | bash; \
. .nvm/nvm.sh; \
sudo bash -c ". .nvm/nvm.sh;\
 nvm install 0.12.7;\
 nvm alias default 0.12.7;\
 npm install --silent vega@1.5.4;"; \
ln -s -t ~/.local/bin ~/node_modules/vega/bin/*