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我使用 networkD3
包的 forceNetwork()
函数创建了一个蛋白质突变网络。它在 RStudio 的“查看器” Pane 中呈现。
然后我可以将其保存为 HTML 文件,以便共享,同时保留动态特性(如单击节点、突出显示连接等)。
这是我原始数据中前20%的表现,完整的数据看起来更加庞大和复杂。
我需要能够向这个 forceNetwork 添加搜索,以便特定节点可以位于复杂网络中。通过编辑包 networkD3 的副本并重新打包,可以轻松实现其中的 javascript 或 jquery 部分。但我的主要挑战是添加用于包含搜索框的 html 代码。
我的主要 R 代码如下所示:
library(networkD3)
library(XLConnect)
wb <- loadWorkbook("input.xlsx")
nodes <- readWorksheet(wb, sheet="Node", startRow = 1, startCol = 1, header = TRUE)
links <- readWorksheet(wb, sheet="Edges", startRow = 1, startCol = 1, header = TRUE)
fn <- forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes,
Source = "Source", Target = "ID", Value = "Combo",
NodeID = "Mutation", linkDistance = JS('function(d){return d.value * 50;}'),
Nodesize = "IF", Group = "Combo", radiusCalculation = JS("d.nodesize+6"),
zoom = T, bounded = F, legend = T,
opacity = 0.8,
fontSize = 16 )
fn
我的灵感来自jsfiddle西蒙·拉珀。在这种情况下包含搜索的最佳方式是什么?我想到的方案是先将渲染图另存为html。然后阅读并编辑 html 并插入用于搜索的代码段。我尝试为此使用 Rhtml,但这似乎并不简单。任何指针将不胜感激。
最佳答案
虽然我对这种交互性并不感冒,但我认为这将是一个很好的机会来演示如何将 htmltools
与 htmlwidgets
一起使用。稍后,我将使用 crosstalk
重新创建,但现在,这里是我将如何复制提供的示例。
library(htmltools)
library(networkD3)
data(MisLinks)
data(MisNodes)
# make a forceNetwork as shown in ?forceNetwork
fn <- forceNetwork(
Links = MisLinks, Nodes = MisNodes, Source = "source",
Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
Group = "group", opacity = 0.4, zoom = TRUE
)
fn <- htmlwidgets::onRender(
fn,
'
function(el,x){
debugger;
var optArray = [];
for (var i = 0; i < x.nodes.name.length - 1; i++) {
optArray.push(x.nodes.name[i]);
}
optArray = optArray.sort();
$(function () {
$("#search").autocomplete({
source: optArray
});
});
d3.select(".ui-widget button").node().onclick=searchNode;
function searchNode() {
debugger;
//find the node
var selectedVal = document.getElementById("search").value;
var svg = d3.select(el).select("svg");
var node = d3.select(el).selectAll(".node");
if (selectedVal == "none") {
node.style("stroke", "white").style("stroke-width", "1");
} else {
var selected = node.filter(function (d, i) {
return d.name != selectedVal;
});
selected.style("opacity", "0");
var link = svg.selectAll(".link")
link.style("opacity", "0");
d3.selectAll(".node, .link").transition()
.duration(5000)
.style("opacity", 1);
}
}
}
'
)
browsable(
attachDependencies(
tagList(
tags$head(
tags$link(
href="http://code.jquery.com/ui/1.11.0/themes/smoothness/jquery-ui.css",
rel="stylesheet"
)
),
HTML(
'
<div class="ui-widget">
<input id="search">
<button type="button">Search</button>
</div>
'
),
fn
),
list(
rmarkdown::html_dependency_jquery(),
rmarkdown::html_dependency_jqueryui()
)
)
)
注意:串扰是实验性的,所以这可能会改变
我没有花时间优化和完善,但这里有一个版本与示例做同样的事情,但使用 crosstalk
而不是自定义代码和 jquery- ui
自动完成。
library(htmltools)
library(networkD3)
# demonstrate with experimental crosstalk
# this will get much easier once we start converting
# htmlwidgets to work natively with crosstalk
#devtoools::install_github("rstudio/crosstalk")
library(crosstalk)
data(MisLinks)
data(MisNodes)
# make a forceNetwork as shown in ?forceNetwork
fn <- forceNetwork(
Links = MisLinks, Nodes = MisNodes, Source = "source",
Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
Group = "group", opacity = 0.4, zoom = TRUE
)
sd <- SharedData$new(MisNodes, key=~name, group="grp1" )
# no autocomplete so not the same
# but will use this instead of writing something new
fs <- filter_select(
id = "filter-node",
label = "Search Nodes",
sharedData = sd,
group = ~name
)
fn <- htmlwidgets::onRender(
fn,
'
function(el,x){
// get the crosstalk group
// we used grp1 in the SharedData from R
var ct_grp = crosstalk.group("grp1");
debugger;
ct_grp
.var("filter")
.on("change", function(val){searchNode(val.value)});
function searchNode(filter_nodes) {
debugger;
//find the node
var selectedVal = filter_nodes? filter_nodes : [];
var svg = d3.select(el).select("svg");
var node = d3.select(el).selectAll(".node");
if (selectedVal.length===0) {
node.style("opacity", "1");
svg.selectAll(".link").style("opacity","1");
} else {
var selected = node.filter(function (d, i) {
return selectedVal.indexOf(d.name) >= 0;
});
node.style("opacity","0");
selected.style("opacity", "1");
var link = svg.selectAll(".link").style("opacity", "0");
/*
svg.selectAll(".node, .link").transition()
.duration(5000)
.style("opacity", 1);
*/
}
}
}
'
)
browsable(
tagList(
fs,
fn
)
)
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