php - php 或 javascript 中的层次聚类

Question

我目前正在从事一个生物信息学项目，该项目将分析药物并根据相似模式对结果进行分组。

为此，我使用了欧氏距离和马氏距离等算法。我目前正在使用图书馆 Clusterfck但这非常有限，并且会完全默认生成信息。

我想知道是否有其他 JavaScript 或 PHP 库实现了这些计算。

Answer 1

处理真实数据时，我不建议使用 Javascript 或 PHP。两者都是解释性的并且速度很慢，并且更适合呈现和显示 Web 内容。出于同样的原因，除了 clusterfck 之外，您可能不会在 Javascript 中找到太多用于此的库。最好用其他语言进行分析并使用它们来呈现它。

但是，我会分享一些其他语言的库:

• clustering in scipy
• scipy-cluster ，做类似事情的 scipy 的扩展
• hac , Java 实现
• fastcluster , 对于 R 和 Python