python - Python 中的 ITK : SimpleITK or not?

Question

感谢 Python 中的 SimpleITK，我已经开始使用 ITK 工作了一周。尽管目前我对 SimpleITK 很满意，但我注意到一些功能，例如 Powell optimization scheme 或 OnePlusEvolutionary 不是在 SimpleITK 中可用。这似乎与基于地标的注册方法相同。

所以，我想知道是否有一种方法可以在 SimpleITK 中检索 ITK(在 C++ 中)中可用的所有功能，或者如果有必要执行我自己的包装吗？

如果没有，我稍后会学习 C++ 来这样做!

谢谢!

Answer 1

你是对的。 SimpleITK 的功能有限。然而，可以使用 WrapITK 接口(interface)访问 Python 中的整个 ITK 库。这是一个旧界面，我认为已经有一段时间没有更新了。但是，仍然可以从源代码编译新版本并使用 WrapITK。

这个过程并不十分顺利。我过去曾在 Windows 机器上完成构建，然后注意到我不得不遇到的一些不太顺利的步骤。我会把它们放在这里。由于您没有提到您的操作系统，我将继续解释 Windows 的设置。让我们看看您是否能够启动并运行它。

• ITK-4.6 + Python2.7 + CMake + VS2008专业版(均为32位)
• VS2008 之后的版本都不能编译生成 python 绑定(bind)所必需的 GCCXML
• 配置 CMAKE 后，需要额外设置以下标志:
  • ITK_WRAP_PYTHON
  • ITK_WRAP_*(所有类型:float、double 等)
  • ITK_BUILD_SHARED_LIBS(如果设置了第一个标志则自动设置)
• 在 VS2008 中，仅在 Release模式下构建。项目浏览器中的项目数量将超过 500 个。应该构建大约 300-350 个。
• 构建时，请确保您具有可访问的 Internet 连接以下载 GCCXML(在 VS2008 中开始构建后可能会下载)。验证下载时应该没有错误。如果有，可能是目录创建权限错误。
• 项目构建时应该没有错误
• 将 WrapITK.pth 文件从 ITK build/Wrapping/Generators/Python/Release 复制到 Python/Lib/site-packages
• 将以下内容添加到您的 Path 变量中:
  • C:\ProgramLibs\ITK\build2008\lib\Release
  • C:\ProgramLibs\ITK\build2008\bin\Release
  • C:\ProgramLibs\ITK\build2008\lib
• 现在 ITK 应该可以正常工作(下面是一个测试 python 文件，您可以使用它对构建运行完整性检查)。除了每次您第一次在程序中或在 Python 解释器上调用 itk.Image 时，都会有十几个警告，它们需要时间来执行。这是一个已知的问题。一旦你通过了这个，它就很顺利了。

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测试文件

import itk
pixelType = itk.UC
imageType = itk.Image[pixelType, 2]
readerType = itk.ImageFileReader[imageType]
writerType = itk.ImageFileWriter[imageType]
reader = readerType.New()
writer = writerType.New()
reader.SetFileName("<input image file location>")
writer.SetFileName("D:/Output.png")
writer.SetInput( reader.GetOutput() )
writer.Update()