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在使用 gcc 时,我似乎无法获得要编译的 HDF5 库的 c++ 绑定(bind)。
测试程序是在以下位置找到的示例: https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/unpacked/c++/examples/h5tutr_crtdat.cpp
我的 cmake 文件内容如下:
cmake_minimum_required(VERSION 3.1.0)
project(readhdf5 C CXX)
find_package(HDF5 COMPONENTS C CXX HL REQUIRED)
link_directories(${HDF5_INCLUDE_DIRS})
include_directories(${HDF5_INCLUDE_DIRS})
add_executable(readdata ../src/main.cpp)
target_link_libraries(readdata ${HDF5_LIBRARIES})
target_link_libraries(readdata ${HDF5_CXX_LIBRARIES})
我正在使用的命令:
cmake -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-8 -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-8 ..
我收到的错误是:
me@comp:~/Downloads/hdf5-cmake-example-master/build$ make
[ 50%] Linking CXX executable readdata
Undefined symbols for architecture x86_64:
"H5::H5File::H5File(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, unsigned int, H5::FileCreatPropList const&, H5::FileAccPropList const&)", referenced from:
_main in main.cpp.o
"H5::H5Location::createDataSet(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, H5::DataType const&, H5::DataSpace const&, H5::DSetCreatPropList const&) const", referenced from:
_main in main.cpp.o
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [readdata] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/readdata.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2
我很难找出错误的原因。如果我不指定编译器,它默认为 clang/clang++,它编译得很好。如果我只使用 C 绑定(bind),那么它编译得很好。如果我将编译器指定为 h5cc 和 h5c++ 包装器,那么它可以正常编译。
我不确定为什么 gcc/g++ 编译器找不到 clang/clang++ 可以找到的源代码。
我使用的是 macOS High Sierra。HDF5 是使用 Homebrew 安装的。
非常感谢您的建议。
我了解什么是 undefined symbol 以及它们通常是如何修复的。然而,HDF5 库似乎并不遵循外部库链接方式的典型模式。问题不是一般如何修复 undefined symbol ,而是为什么只有在这种情况下使用 gcc 时才找不到它们。
我怀疑答案需要这个库的特定知识而不是一般的 c++。
最佳答案
我遇到了与 HDF5 和 C++ 非常相似的问题,这些问题最终与 this ABI issue 相关,这也会影响 clang(当它无法通过诉诸较旧的 ABI 来修复时)。如果您的问题是由同一问题引起的,请继续阅读。
最终,我通过避免在 HDF5 库的接口(interface)中使用 std::string
解决了这个问题。这意味着
std::string
std::string
的 HDF5 结构对于大多数情况,您可以简单地使用采用 const char*
并传递 string::c_str()
的 HDF5 例程版本。然而,还有两个更棘手的案例。
HDF5 异常基于 std::string
,因此您不能使用它们,即 catch
除了通过 catch(...)
通过 HDF5 读取 std::string
。为此,我实际上重新实现了相应的例程(从 HDF5 源代码中窃取)以使用正确的 ABI 为 std::string
编译它。在这里:
//
// reading a std::string, see H5DataSet.cpp
//
std::string read_string(H5::DataSet const&data_set,
H5::DataType const&mem_type,
H5::DataSpace const&mem_space,
H5::DataSpace const&file_space,
H5::DSetMemXferPropList const&xfer_plist
= H5::DSetMemXferPropList::DEFAULT)
{
const auto is_variable_len = H5Tis_variable_str(mem_type.getId());
if(is_variable_len<0)
throw std::runtime_error("read_string: H5Tis_variable_str failed");
std::string strg;
if(!is_variable_len) {
const auto data_size = data_set.getInMemDataSize();
if(data_size>0) {
std::unique_ptr<char[]> strg_C{new char[data_size+1]};
std::memset(strg_C.get(), 0, data_size+1);
if(0>H5Dread(data_set.getId(), mem_type.getId(), mem_space.getId(),
file_space.getId(), xfer_plist.getId(), strg_C.get()))
throw std::runtime_error("read_string: H5Dread failed for fixed length string");
strg = strg_C.get();
}
} else {
char*strg_C;
if(0>H5Dread(data_set.getId(), mem_type.getId(), mem_space.getId(),
file_space.getId(), xfer_plist.getId(), &strg_C))
throw std::runtime_error("read_string: H5Dread failed for variable length string");
strg = strg_C;
std::free(strg_C);
}
return strg;
}
关于c++ - 使用 g++ 时 HDF5 的 undefined symbol ,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/51431246/
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