java - R CMD javareconf 找不到 jni.h

Question

我正在尝试使用 Anaconda 在基于 debian (jessie) 的 docker 容器中安装 rJava。

作为 root，我做到了

$ apt-get update  && apt-get install -y --no-install-recommends \
  default-jdk default-jre libicu-dev 

然后

$ R CMD javareconf 
Java interpreter : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_121
Java home path   : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121
Java compiler    : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/opt/conda/lib/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux -I/opt/conda/include    -fpic  -I/opt/conda/include  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
 #include <jni.h>
                 ^
compilation terminated.
/opt/conda/lib/R/etc/Makeconf:133: recipe for target 'conftest.o' failed
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121
Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /opt/conda/lib/R
Done.

但是jni.h在JDK里面是对的:

# find /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/ -name jni.h
/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/include/jni.h

只是看起来 javareconf 没有找到它。而且，如果我查看可以使用 javareconf 设置的所有变量，例如 JAVA_HOME，我看不到设置 JNI cpp 标志的能力，这需要正确的包含。

我看过 various posts网上到处都是这个问题，但是没有解决办法。

Answer 1

我不确定这里是否已确认答案，但我会向所有人指出这个 article安德鲁科利尔。

他的建议:

(1) 更新所有存储库

sudo apt update -y

(2) 确保安装了 JRE 和 JDK 8

sudo apt install -y openjdk-8-jdk openjdk-8-jre

(3) 然后，正如许多用户已经说过的那样，将 R 指向带有 JDK 8 显式路径的 java

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/

具体的Java包并不重要，只要在/include目录下包含所有必要的编译内容即可。

user@laptop:~$ ls /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/
classfile_constants.h  jdwpTransport.h  jvmticmlr.h  linux
jawt.h                 jni.h            jvmti.h

有关这方面的更多信息，我建议 how to make jni.h be found? 用于正确定位/编译此目录。