r - 使用 R bioconductor 包 STRINGdb 操作 String-db

Question

我想从 string-db.org 中提取一个大型网络，因为 Web 界面不支持超过 2000 个蛋白质。我需要大约 100.000 到 200.000 种蛋白质。所以我正在使用 R bioconductor 包 STRINGdb 来探索数据库。由于我是 R 的新手，即使有了文档，我也不知道该怎么做，也不知道要使用 .我试过了PS:我对癌症网络很感兴趣，(蛋白质-蛋白质相互作用数据集)我试过:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("STRINGdb")
library(STRINGdb)
string_db <- STRINGdb$new( version="10", species=9606, score_threshold=0.4, input_directory="" )
##Not sure if it is the right function to use##
string_proteins <- string_db$get_proteins()  ## Returns 20475 obs. 4 variables

我不知道如何进行。

Answer 1

好的，正如我读到的，您想要癌症过程中涉及的 2-4k 蛋白质网络，并可能以某种方式在 R 中将其可视化。嗯，很容易获得特定蛋白质的信息、邻居和相互作用，这来自手册:

tp53 = string_db$mp( "tp53" )
atm = string_db$mp( "atm" )
string_db$get_neighbors( c(tp53, atm) )
string_db$get_interactions( c(tp53, atm) )

因此，如果您列出蛋白质，就很容易获得有关它们的信息。由于可视化，函数 get_graph 可能很有用，它采用 stringdb 蛋白质的向量，例如 c(tp53, atm)。

提供更多信息，yowu 想做什么，我们会解决的:)