python - 蛋白质数据库的 SQL 表-6ren

python - 蛋白质数据库的 SQL 表

转载作者：搜寻专家更新时间：2023-10-30 20:16:58

<分区>

我是一名生物信息学工程师，经常使用 UNIPROT 数据库。它在一个巨大的文件中包含大约 600 万个条目。

现在我使用一种方法，我为一些 ID 条目创建了一个“索引”文件，当我想访问一个蛋白质时，我从索引文件中 grep 条目，然后使用该索引搜索巨大的数据库文件.搜索给定的蛋白质大约需要 0.3 秒。

我正在寻找一种更快的方法，并找到了 SQL 表。我对它们一无所知，所以如果有问题，我会问几个。

我可以用 SQL 表更快地实现相同的目的吗？如果是，您会建议我使用哪种数据结构？有什么好网站可以让我获得有关它的好教程吗？我也在 python 中工作，所以我对 SQL 在 python 中的集成很感兴趣。据我所知，python 中有一些可导入的 SQL 模块。我错了吗？我可以只在 python 中执行此操作，还是必须使用“开箱即用”的方法？

TLDR:我能否实现一个包含大约 600 万个条目的 ID --> 蛋白质(可能是一些附加信息)表，我可以在其中使用 python 中的 SQL 在大约 0.01 秒内搜索特定 ID？