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我必须使用一个开源项目 ( biojava )，但我对某些性能不满意，我想花一些时间来改进它。
例如，我有一个这样编码的文本数据库:
chrX Cufflinks exon 65175856 65175971 . . . gene_id "XLOC_002576"; transcript_id "TCONS_00004217"; exon_number "1"; gene_name "RP6-159A1.2"; oId "CUFF.3698.1"; nearest_ref "ENST00000456392"; class_code "p"; tss_id "TSS3873";
chrX Cufflinks exon 128986006 128986088 . . . gene_id "XLOC_002577"; transcript_id "TCONS_00004218"; exon_number "1"; oId "CUFF.3750.1"; class_code "u"; tss_id "TSS3874";
不是每个字段都是必填的，每个gene_id可能关联多个transcript_id(1..n)，每个transcript_id有1或更多外显子。
库的行为是将整个文本文件加载到 ArrayList 中，并且对于每次搜索都必须迭代列表。这适用于小列表，但在我的例子中，我有一个非常大的列表的 10^10 个查询，并且在一台好的计算机上需要几天时间。
Neo4j 会是一个不错的选择吗？什么是实现它的好方法？例如，创建一个仅限字符串的实体并在它们之间建立关系是否不好？还是单表用Hsqldb更好？
请注意我不需要持久性，但速度和同步是强制性的。
编辑:如果需要，您可以查看项目 here 。
最佳答案
如果速度很关键，因为您的数据模式看起来很“简单”，您可以采用“手动”解决方案。如果开发时间比“绝对速度”更重要，内存中的 RDBMS 是一个不错的选择。如果不需要持久性，我会避免使用 neo4j，因为它更适合持久性，而且您的数据似乎更“相关”，然后是“复杂图”
如果速度很关键，并且您不采用像 Hsqldb 这样的解决方案，那么我们的想法是填充 3 种对象(基因、转录本、外显子)，并使用 HashMap 对它们进行索引。
关于java - 图数据库 (neo4j) 与关系数据库。在设计方面需要帮助，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/10700392/
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在C语言中，当有变量(假设都是int)i小于j时，我们可以用等式 i^=j^=i^=j 交换两个变量的值。例如，令int i = 3，j = 5；在计算 i^=j^=i^=j 之后，我有 i = 5，
我为以下问题编写了以下代码: 给定一个由 N 个正整数组成的序列 A，编写一个程序来查找满足 i > A[j]A[i](A[i] 的 A[j] 次方 > A[j] 的 A[i] 次方)。 我的代码通过
这个表达式是从左到右解析的吗？我试图解释解析的结果，但最后的结果是错误的。 int j=10, k=10; j+=j-=j*=j; //j=j+(j-=j*=j)=j+(j-j*j) k+=k*=
给定一个整数数组 A ，我试图找出在给定位置 j ，A[j] 从每个 i=0 到 i=j 在 A 中出现了多少次。我设计了一个如下所示的解决方案 map CF[400005]; for(int i=0
你能帮我算法吗: 给定 2 个相同大小的数组 a[]和 b[]具有大于或等于 1 的整数。 查找不相等的索引 i和 j ( i != j ) 使得值 -max(a[i]*b[i] + a[i] * b
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假设一个包含各种类型的盒装矩阵: matrix =: ('abc';'defgh';23),:('foo';'bar';45) matrix +---+-----+--+|abc|defgh|23|+
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刚刚发现 J 语言，我输入: 1+^o.*0j1 I expected the answer to be 0 ，但我得到了 0j1.22465e_16。虽然这非常接近于 0，但我想知道为什么 J 应该
这个问题在这里已经有了答案: With arrays, why is it the case that a[5] == 5[a]? (20 个答案) 关闭 3 年前。 我正在阅读“C++ 编程语言”
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我写了一段Java代码，它在无限循环中运行。 下面是代码: public class TestProgram { public static void main(String[] args){
for (int i = n; i > 0; i /= 2) { for (int j = 0; j 0; i /= 2) 的第一个循环结果 O(log N) . 第二个循环for (int
如问题中所述，需要找到数组中 (i,j) 对的总数，使得 (1) **ia[j]** 其中 i 和 j 是数组的索引。没有空间限制。 我的问题是 1) Is there any approach w
for l in range(1,len(S)-1): for i in range(1,len(S)-l): j=i+l for X in N:
第二个for循环的复杂度是多少？会是n-i吗？根据我的理解，第一个 for 循环将执行 n 次，但第二个 for 循环中的索引设置为 i。 //where n is the number elemen
我是一名优秀的程序员,十分优秀！