Python实现以排列数为输入的Permutation Test

Question

R 著名的置换测试库，即 perm .我感兴趣的示例是:

 x <- c(12.6, 11.4, 13.2, 11.2, 9.4, 12.0)
 y <- c(16.4, 14.1, 13.4, 15.4, 14.0, 11.3)
 permTS(x,y, alternative="two.sided", method="exact.mc", control=permControl(nmc=30000))$p.value

打印 p 值的结果:0.01999933。请注意，函数 permTS 允许我们输入排列数 = 30000。Python中有类似的实现吗？

我在看 Python 的 perm_stat ，但这不是我要找的，而且看起来是 buggy 。

Answer 1

这是使用蒙特卡洛方法进行置换测试的可能实现:

def exact_mc_perm_test(xs, ys, nmc):
    n, k = len(xs), 0
    diff = np.abs(np.mean(xs) - np.mean(ys))
    zs = np.concatenate([xs, ys])
    for j in range(nmc):
        np.random.shuffle(zs)
        k += diff < np.abs(np.mean(zs[:n]) - np.mean(zs[n:]))
    return k / nmc

请注意，考虑到算法的蒙特卡洛性质，您不会在每次运行时得到完全相同的数字:

>>> xs = np.array([12.6, 11.4, 13.2, 11.2, 9.4, 12.0])
>>> ys = np.array([16.4, 14.1, 13.4, 15.4, 14.0, 11.3])
>>> exact_mc_perm_test(xs, ys, 30000)
0.019466666666666667