python - 在 python 中加载 Analyze 7.5 格式图像

Question

我正在做一些工作，我必须以一种名为 Analyze 7.5 file format 的格式加载一个可操作的 CT 图像。 .

这种操作的一部分 - 对于大图像来说绝对需要很长时间 - 是将原始二进制数据加载到一个 numpy 数组并将其 reshape 为正确的尺寸。这是一个例子:

headshape = (512,512,245) # The shape the image should be
headdata = np.fromfile("Analyze_CT_Head.img", dtype=np.int16) # loads the image as a flat array, 64225280 long. For testing, a large array of random numbers would do

head_shaped = np.zeros(shape=headshape) # Array to hold the reshaped data

# This set of loops is the problem
for ux in range(0, headshape[0]):
    for uy in range(0, headshape[1]):
        for uz in range(0, headshape[2]):
            head_shaped[ux][uy][uz] = headdata[ux + headshape[0]*uy + (headshape[0]*headshape[1])*uz] # Note the weird indexing of the flat array - this is the pixel ordering I have to work with

我知道 numpy 可以快速 reshape 数组，但我无法找出复制嵌套循环效果所需的正确转换组合。

有没有办法通过 numpy.reshape/numpy.ravel 等的某种组合来复制这种奇怪的索引？

Answer 1

看看 nibabel ，一个 python 库，它实现了“分析”格式的读者/作者。它可能已经为您解决了这个问题。