- c - 在位数组中找到第一个零
- linux - Unix 显示有关匹配两种模式之一的文件的信息
- 正则表达式替换多个文件
- linux - 隐藏来自 xtrace 的命令
根据documentation ,参数 sigma
可用于设置拟合中数据点的权重。当参数 absolute_sigma=True
时,这些“描述”1-sigma 错误。
我有一些数据具有不同的人工正态分布噪声:
n = 200
x = np.linspace(1, 20, n)
x0, A, alpha = 12, 3, 3
def f(x, x0, A, alpha):
return A * np.exp(-((x-x0)/alpha)**2)
noise_sigma = x/20
noise = np.random.randn(n) * noise_sigma
yexact = f(x, x0, A, alpha)
y = yexact + noise
如果我想使用 curve_fit
将嘈杂的 y
拟合到 f
,我应该设置什么 sigma
?这里的文档不是很具体,但我通常会使用 1/noise_sigma**2
作为权重:
p0 = 10, 4, 2
popt, pcov = curve_fit(f, x, y, p0)
popt2, pcov2 = curve_fit(f, x, y, p0, sigma=1/noise_sigma**2, absolute_sigma=True)
不过,它似乎并没有改善合身性。
此选项仅用于通过协方差矩阵更好地解释拟合不确定性吗?这两个告诉我有什么区别?
In [249]: pcov
Out[249]:
array([[ 1.10205238e-02, -3.91494024e-08, 8.81822412e-08],
[ -3.91494024e-08, 1.52660426e-02, -1.05907265e-02],
[ 8.81822412e-08, -1.05907265e-02, 2.20414887e-02]])
In [250]: pcov2
Out[250]:
array([[ 0.26584674, -0.01836064, -0.17867193],
[-0.01836064, 0.27833 , -0.1459469 ],
[-0.17867193, -0.1459469 , 0.38659059]])
最佳答案
至少对于 scipy 版本 1.1.0,参数 sigma
应该等于每个参数的误差。特别是 documentation说:
A 1-d sigma should contain values of standard deviations of errors in ydata. In this case, the optimized function is chisq = sum((r / sigma) ** 2).
在你的情况下会是:
curve_fit(f, x, y, p0, sigma=noise_sigma, absolute_sigma=True)
我浏览了 source代码并验证当您以这种方式指定 sigma 时它最小化 ((f-data)/sigma)**2
。
作为旁注,这通常是当您知道错误时希望最小化的内容。给定模型 f
观察点 data
的可能性由下式给出:
L(data|x0,A,alpha) = product over i Gaus(data_i, mean=f(x_i,x0,A,alpha), sigma=sigma_i)
如果你取负对数就变成了(直到不依赖于参数的常数因子):
-log(L) = sum over i (f(x_i,x0,A,alpha)-data_i)**2/(sigma_i**2)
这只是卡方。
我编写了一个测试程序来验证 curve_fit
确实返回了正确指定了 sigma 的正确值:
from __future__ import print_function
import numpy as np
from scipy.optimize import curve_fit, fmin
np.random.seed(0)
def make_chi2(x, data, sigma):
def chi2(args):
x0, A, alpha = args
return np.sum(((f(x,x0,A,alpha)-data)/sigma)**2)
return chi2
n = 200
x = np.linspace(1, 20, n)
x0, A, alpha = 12, 3, 3
def f(x, x0, A, alpha):
return A * np.exp(-((x-x0)/alpha)**2)
noise_sigma = x/20
noise = np.random.randn(n) * noise_sigma
yexact = f(x, x0, A, alpha)
y = yexact + noise
p0 = 10, 4, 2
# curve_fit without parameters (sigma is implicitly equal to one)
popt, pcov = curve_fit(f, x, y, p0)
# curve_fit with wrong sigma specified
popt2, pcov2 = curve_fit(f, x, y, p0, sigma=1/noise_sigma**2, absolute_sigma=True)
# curve_fit with correct sigma
popt3, pcov3 = curve_fit(f, x, y, p0, sigma=noise_sigma, absolute_sigma=True)
chi2 = make_chi2(x,y,noise_sigma)
# double checking that we get the correct answer
xopt = fmin(chi2,p0,xtol=1e-10,ftol=1e-10)
print("popt = %s, chi2 = %.2f" % (popt,chi2(popt)))
print("popt2 = %s, chi2 = %.2f" % (popt2, chi2(popt2)))
print("popt3 = %s, chi2 = %.2f" % (popt3, chi2(popt3)))
print("xopt = %s, chi2 = %.2f" % (xopt, chi2(xopt)))
哪些输出:
popt = [ 11.93617403 3.30528488 2.86314641], chi2 = 200.66
popt2 = [ 11.94169083 3.30372955 2.86207253], chi2 = 200.64
popt3 = [ 11.93128545 3.333727 2.81403324], chi2 = 200.44
xopt = [ 11.93128603 3.33373094 2.81402741], chi2 = 200.44
如您所见,当您将 sigma=sigma
指定为 curve_fit 的参数时,chi2 确实已正确最小化。
至于为什么改进不是“更好”,我不太确定。我唯一的猜测是,如果不指定 sigma 值,您会隐含地假设它们相等,并且在拟合重要的数据部分(峰值)上,误差“大约”相等。
要回答您的第二个问题,不 sigma 选项不仅用于更改协方差矩阵的输出,它实际上还更改了正在最小化的内容。
关于python - 将 scipy.optimize.curve_fit 与权重一起使用,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/27696324/
我在网上搜索但没有找到任何合适的文章解释如何使用 javascript 使用 WCF 服务,尤其是 WebScriptEndpoint。 任何人都可以对此给出任何指导吗? 谢谢 最佳答案 这是一篇关于
我正在编写一个将运行 Linux 命令的 C 程序,例如: cat/etc/passwd | grep 列表 |剪切-c 1-5 我没有任何结果 *这里 parent 等待第一个 child (chi
所以我正在尝试处理文件上传,然后将该文件作为二进制文件存储到数据库中。在我存储它之后,我尝试在给定的 URL 上提供文件。我似乎找不到适合这里的方法。我需要使用数据库,因为我使用 Google 应用引
我正在尝试制作一个宏,将下面的公式添加到单元格中,然后将其拖到整个列中并在 H 列中复制相同的公式 我想在 F 和 H 列中输入公式的数据 Range("F1").formula = "=IF(ISE
问题类似于this one ,但我想使用 OperatorPrecedenceParser 解析带有函数应用程序的表达式在 FParsec . 这是我的 AST: type Expression =
我想通过使用 sequelize 和 node.js 将这个查询更改为代码取决于在哪里 select COUNT(gender) as genderCount from customers where
我正在使用GNU bash,版本5.0.3(1)-发行版(x86_64-pc-linux-gnu),我想知道为什么简单的赋值语句会出现语法错误: #/bin/bash var1=/tmp
这里,为什么我的代码在 IE 中不起作用。我的代码适用于所有浏览器。没有问题。但是当我在 IE 上运行我的项目时,它发现错误。 而且我的 jquery 类和 insertadjacentHTMl 也不
我正在尝试更改标签的innerHTML。我无权访问该表单,因此无法编辑 HTML。标签具有的唯一标识符是“for”属性。 这是输入和标签的结构:
我有一个页面,我可以在其中返回用户帖子,可以使用一些 jquery 代码对这些帖子进行即时评论,在发布新评论后,我在帖子下插入新评论以及删除 按钮。问题是 Delete 按钮在新插入的元素上不起作用,
我有一个大约有 20 列的“管道分隔”文件。我只想使用 sha1sum 散列第一列,它是一个数字,如帐号,并按原样返回其余列。 使用 awk 或 sed 执行此操作的最佳方法是什么? Accounti
我需要将以下内容插入到我的表中...我的用户表有五列 id、用户名、密码、名称、条目。 (我还没有提交任何东西到条目中,我稍后会使用 php 来做)但由于某种原因我不断收到这个错误:#1054 - U
所以我试图有一个输入字段,我可以在其中输入任何字符,但然后将输入的值小写,删除任何非字母数字字符,留下“。”而不是空格。 例如,如果我输入: 地球的 70% 是水,-!*#$^^ & 30% 土地 输
我正在尝试做一些我认为非常简单的事情,但出于某种原因我没有得到想要的结果?我是 javascript 的新手,但对 java 有经验,所以我相信我没有使用某种正确的规则。 这是一个获取输入值、检查选择
我想使用 angularjs 从 mysql 数据库加载数据。 这就是应用程序的工作原理;用户登录,他们的用户名存储在 cookie 中。该用户名显示在主页上 我想获取这个值并通过 angularjs
我正在使用 autoLayout,我想在 UITableViewCell 上放置一个 UIlabel,它应该始终位于单元格的右侧和右侧的中心。 这就是我想要实现的目标 所以在这里你可以看到我正在谈论的
我需要与 MySql 等效的 elasticsearch 查询。我的 sql 查询: SELECT DISTINCT t.product_id AS id FROM tbl_sup_price t
我正在实现代码以使用 JSON。 func setup() { if let flickrURL = NSURL(string: "https://api.flickr.com/
我尝试使用for循环声明变量,然后测试cols和rols是否相同。如果是,它将运行递归函数。但是,我在 javascript 中执行 do 时遇到问题。有人可以帮忙吗? 现在,在比较 col.1 和
我举了一个我正在处理的问题的简短示例。 HTML代码: 1 2 3 CSS 代码: .BB a:hover{ color: #000; } .BB > li:after {
我是一名优秀的程序员,十分优秀!