python - scipy 稀疏矩阵作为 petsc4py 的输入

Question

我似乎无法找到一种方法来有效地加载 scipy 稀疏矩阵，例如csr_matrix ，变成 petsc4py 矩阵，例如PETSc.Mat().createAIJ。我找到了 this thread ，但我无法应用它。

我也希望能提供一个实际记录这些东西的指针。 demo目录下的例子只解释了一部分，看不到任何文档字符串。

Answer 1

你的链接说要在 PETSc 中创建一个稀疏矩阵，你应该使用这样的命令:

PETSc.Mat().createAIJ(size=(nrows,ncols), csr=(ai,aj,aa))

根据 this , ai, aj 和 aa 在 PETSc 中是:

> i - row indices
> j - column indices
> a - matrix values

这些分别等效于 scypy.sparse 的 .indptr、.indices 和 .data 属性。 csr_matrix，见docs了解详情。

因此，如果您的链接是正确的，则以下内容应该有效:

>>> from petsc4py import PETSc
>>> import scipy.sparse
>>> csr_mat = scipy.sparse.rand(1000, 1000, density=0.001, format='csr')
>>> petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=csr_mat.shape,
...                                   csr=(csr_mat.indptr, csr_mat.indices,
...                                        csr_mat.data))

很遗憾，我无法自己测试。