python - 是否有一个函数可以根据比对参数计算比对序列的分数？

Question

我尝试对已经对齐的序列进行评分。让我们说

seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE'
seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE'

给定参数

substitution matrix : blosum62
gap open penalty : -5
gap extension penalty : -1

我确实看过 biopython 食谱，但我能得到的只是替换矩阵 blogsum62，但我觉得它必须已经有人实现了这种库。

那么谁能推荐任何可以解决我的问题的库或最短代码？

提前致谢

Answer 1

杰萨达，

Blosum62 矩阵(注意拼写 ;)在 Bio.SubsMat.MatrixInfo 中，是一个元组解析为分数的字典(所以 ('A', 'A') 值 4 分).它没有间隙，它只是矩阵的一个三角形(所以它可能是 ('T', 'A') 但不是 ('A', 'T')。Biopython 中有一些辅助函数，包括 Bio.Pairwise 中的一些，但这是我想出的答案:

from Bio.SubsMat import MatrixInfo

def score_match(pair, matrix):
    if pair not in matrix:
        return matrix[(tuple(reversed(pair)))]
    else:
        return matrix[pair]

def score_pairwise(seq1, seq2, matrix, gap_s, gap_e):
    score = 0
    gap = False
    for i in range(len(seq1)):
        pair = (seq1[i], seq2[i])
        if not gap:
            if '-' in pair:
                gap = True
                score += gap_s
            else:
                score += score_match(pair, matrix)
        else:
            if '-' not in pair:
                gap = False
                score += score_match(pair, matrix)
            else:
                score += gap_e
    return score

seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE'
seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE'

blosum = MatrixInfo.blosum62

score_pairwise(seq1, seq2, blosum, -5, -1)

这会为您的对齐返回 82。几乎肯定有更漂亮的方法来完成所有这些，但这应该是一个好的开始。