python - matplotlib bar3d 裁剪问题

Question

我正在尝试使用 Matplotlib 1.2.0 和 Python 2.7.3 创建 3D 条形图。我听从了 http://www.mail-archive.com/matplotlib-users@lists.sourceforge.net/msg19740.html 中的建议并一个接一个地绘制了条形图，但我仍然遇到渲染问题(即，条形图相互叠加)。

此外，当我调用我的代码时，我得到以下信息:

/usr/apps/python/lib/python2.7/site-packages/mpl_toolkits/mplot3d/axes3d.py:1476: RuntimeWarning: divide for n in normals 遇到除零])

/usr/apps/python/lib/python2.7/site-packages/mpl_toolkits/mplot3d/axes3d.py:1476: RuntimeWarning: 法线中 n 的除法遇到无效值])

我的问题:

1. 这些是严重的警告吗？我需要调查他们并尝试消灭他们？我该如何消除它们？
2. zsort='max' 和 zsort='average' 有什么区别？
3. 我还能做些什么来消除渲染问题？

提前致谢!

这是我的代码:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.colors as colors
import matplotlib.cm as cmx

# my data
dat = [2.31778665482167e-310, 0.006232785101850947, 0.0285075971030949, 0.0010248181570355695, 0.0048776795767614825, 0.02877090365176044, 0.002459331469834533, 0.0008594610645495889, 0.002919824084878003, 0.000968081117692596, 0.0, 0.0, 0.0319623949119874, 0.00568752311279771, 0.009994801469036968, 0.03248018520506219, 0.006686905726805326, 0.005987863156039365, 0.0072955095915350045, 0.005568911905473998, 0.0, 0.0, 0.0, 0.028483143996551524, 0.031030793902192794, 0.06125216053962635, 0.02935971973938871, 0.028507530280092265, 0.030112963748812088, 0.028293406731749605, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.004510645022825792, 0.028998119822468988, 0.0013993630391143715, 0.0010726572949244424, 0.002288215944285159, 0.0006513973584945584, 0.0, 1.1625e-320, 1.15348834e-316, 2.3177866547513e-310, 0.0, 0.03148966953869102, 0.005215047563268979, 0.004491716298086729, 0.006010166308872446, 0.005186976949223524, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.107e-320, 0.02983657915729719, 0.028893006725328373, 0.030526067389954753, 0.028629390713739978, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0015217840289869456, 0.002751587509779179, 0.001413669523724954, 1.15348834e-316, 2.3177866547513e-310, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0024680339073824705, 0.0008254364860386303, 0.0, 0.0, 0.0, 9.965e-321, 1.15348834e-316, 2.3177866547513e-310, 0.0, 0.0, 0.0, 0.002621588539481613, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 9.41e-321, 1.15348834e-316, 2.3177866547513e-310]
dat = np.reshape(dat,[10,10],order='F')

lx = len(dat[0])
ly = len(dat[:,0])
n = lx*ly

# generate colors
cm = plt.get_cmap('jet')
vv = range(len(dat))
cNorm = colors.Normalize(vmin=0, vmax=vv[-1])
scalarMap = cmx.ScalarMappable(norm=cNorm, cmap=cm)
colorVals = [scalarMap.to_rgba(i) for i in range(ly)]

# generate plot data
xpos = np.arange(0,lx,1)  
ypos = np.arange(0,ly,1)
xpos, ypos = np.meshgrid(xpos+0.25, ypos+0.25)
xpos = xpos.flatten()
ypos = ypos.flatten()
zpos = np.zeros(n)
dx = 0.5*np.ones_like(zpos)
dy = dx.copy()
dz = dat.flatten()
cc = np.tile(range(lx), (ly,1))
cc = cc.T.flatten()

# generate plot
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
opacity = 1

for i in range(n):
    ax.bar3d(xpos[i], ypos[i], zpos[i], dx[i], dy[i], dz[i],
             color=colorVals[cc[i]], alpha=opacity, zsort='max')

plt.autoscale(enable=True, axis='both', tight=True)
plt.grid()
plt.show(block=False)

Answer 1

这不是您要找的答案，但我认为这可能是 matplotlib 中的错误。我认为同样的问题是 encountered here .根据mplot3d FAQ，该问题被描述为“棘手的” .

但对我来说，这似乎并不棘手。您只需要找出哪个对象更靠近观察者并相应地设置 z 顺序。所以，我认为问题可能只是一个错误。

如果我采用 matplotlib 3D histogram example并将“bins=4”更改为“bins=6”或更高的数字，然后我得到相同的“axes3d.py:1476: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide/for n in normals])”。此外，我可以重现错误的条形 z 顺序(查看前面那个跳到他矮个子 friend 面前的高个子):

条形的不正确排序似乎与被零除错误有关，因为当我使用较少数量的 bin 时，图看起来很好。

axes.py 中的第 1476 行是:

shade = np.array([np.dot(n / proj3d.mod(n), [-1, -1, 0.5]) for n in normals])

基本上，我认为它是在尝试使用每个面的法向量计算出阴影。但是，一个或多个法向量为零，这不应该是这种情况。所以，我认为这只是 matplotlib 中的一些错误，编程技能比我高的人可能会修复它。

mplot3d 常见问题解答是正确的，如果您想要更好的 3D 引擎，可以使用 MayaVI。我用过

from mayavi import mlab
mlab.barchart(xpos,ypos,dz*100)

生成数据图:

希望尽快解决这个问题。我想在不久的将来制作一些类似的 3D 条形图。