javascript - 来自 matplotlib 的交互式_独立_输出

Question

我喜欢 matplotlib 创建的绘图以及将它们保存为 SVG 的选项很棒，但是......

我希望能够将图形保存为 SVG，并附上 javascript 代码，以增加一定程度的交互性。例如。对于散点图中的每个数据样本，我想在工具提示中显示一些信息。有没有办法做到这一点？或者你会如何完成这样的事情？

Answer 1

使用 Cytoscape 非常简单.
你需要做的是创建两个文件

1. 包含节点和边信息的文件(File1)
2. 包含工具提示信息的文件(文件 2)

文件1

这只需要是 3 列 (sourceNode, destinationNode, edgeLabel)然后你可以从表(文本/MS Excel)文件→导入→网络..选择源节点、目标节点和交互类型。

记得在VizMapper中更改显示选项。

文件2

节点和边属性文件的格式很简单:节点属性文件以第一行的属性名称开头(注意不能包含空格)。接下来的每一行都包含节点的名称，后跟一个等号和该属性的值。数字和文本字符串是最常见的属性类型。给定属性的所有值必须具有相同的类型。例如:

FunctionalCategory
YAL001C = metabolism
YAR002W = apoptosis
YBL007C = ribosome

边属性文件的结构大致相同，只是边的名称是源节点名称，后面是括号中的交互类型，然后是目标节点名称。方向性很重要，因此切换源和目标将引用不同的(或者可能不存在的)边。以下是边属性文件示例:

InteractionStrength
YAL001C (pp) YBR043W = 0.82
YMR022W (pd) YDL112C = 0.441
YDL112C (pd) YMR022W = 0.9013

由于 Cytoscape 将边缘属性视为方向性的，因此第二个和第三个边缘属性值指的是两条不同的边缘(源和目标是相反的，尽管所涉及的节点是相同的)。

每个属性都存储在一个单独的文件中。节点和边属性文件使用相同的格式。节点属性文件名通常使用后缀“.noa”，而边属性文件名使用后缀“.eda”。 Cytoscape 在浏览属性文件时识别这些后缀。

可以使用 –n 和 –e 选项或通过文件 → 导入菜单在命令行加载节点和边属性。

当使用表达式矩阵加载表达式数据时，除非另有明确说明，否则它会自动加载为节点属性数据。

节点和边属性附加到节点和边，因此独立于网络。给定节点或边的属性将应用于所有加载的网络文件中该节点或边的所有副本，无论属性文件或网络文件是否先导入。

注意:为了在 Cytoscape 2.4 中导入网络属性，请转到文件→导入→表中的属性(文本/MS Excel)...或将它们编码为 XGMML 网络文件

第一行之后的每一行都标识对象的名称(节点属性文件中的节点或边属性文件中的边)以及属性值的字符串表示形式。分隔符始终是等号；忽略等号前后的空白(空格和/或制表符)。

如果属性要映射到任何对象，对象名称必须是属性浏览器最左侧列中显示的节点 ID 或边 ID。这些名称必须准确复制，包括大小写，否则将不匹配。

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