python - 带有元数据的 scipy kdtree

Question

我目前正在寻找一种方法来构建几个 kd 树以快速查询一些 n 维数据。但是，我在使用 scipy KD 树算法时遇到了一些问题

我的数据由 id -> {data: somedata, coordinate: x, y} 组成

我希望能够根据坐标和 k 近邻的 ID 进行查询，并获得修复半径近邻的 ID。从KDTree和cKDtree的scipy实现来看，这个是不可用的。

我的其他选择是编写我自己的 KD 树，这不会那么好，因为我只是我，或者......？

Answer 1

从玩弄KDTree ，看起来它坚持要将一个类似于对象的 2D numpy 数组提供给它的构造函数，但是 API 将索引返回到该数组中。此外，您不能只是猴子将数据修补到各个坐标上。

但是，您仍然可以利用 KDTree 的优势。您需要将对象拆分为附加数据对象的并行列表，以及 KDTree 所见坐标的 numpy 数组。当它说，返回某些搜索的第 3 个点时，您知道它对应于附加数据对象列表中的第 3 个索引。

当然，它比 API 更笨拙，API 会为您提供一个提供任意对象坐标的键函数，类似于您如何将键传递给 python 排序函数，但它比滚动您自己的 KDTree 实现要好得多。