python - 从 numpy 数组创建 pydicom 文件

Question

我正在尝试从标准尺寸(512 x 512 或 256 x 256)numpy 数组创建一个新的 dicom 图像。

import dicom, dicom.UID
from dicom.dataset import Dataset, FileDataset

def write_dicom(pixel_array,filename):
    
    file_meta = Dataset()
    ds = FileDataset(filename, {},file_meta = file_meta,preamble="\0"*128)
    ds.PixelData = pixel_array.tostring()
    ds.save_as(filename)
    return

if __name__ == "__main__":
    import numpy as np
    pixel_array = np.tile(np.arange(256).reshape(16,16), (16,16)) * 4
    write_dicom(pixel_array,'pretty.dcm')

Answer 1

2020 年更新:)

这些答案都不适合我。这就是我最终保存一个有效的单色 16bpp MR 切片的结果，它至少在 Slicer、Radiant 和 MicroDicom 中正确显示:

import pydicom
from pydicom.dataset import Dataset, FileDataset
from pydicom.uid import ExplicitVRLittleEndian
import pydicom._storage_sopclass_uids

image2d = image2d.astype(np.uint16)

print("Setting file meta information...")
# Populate required values for file meta information

meta = pydicom.Dataset()
meta.MediaStorageSOPClassUID = pydicom._storage_sopclass_uids.MRImageStorage
meta.MediaStorageSOPInstanceUID = pydicom.uid.generate_uid()
meta.TransferSyntaxUID = pydicom.uid.ExplicitVRLittleEndian  

ds = Dataset()
ds.file_meta = meta

ds.is_little_endian = True
ds.is_implicit_VR = False

ds.SOPClassUID = pydicom._storage_sopclass_uids.MRImageStorage
ds.PatientName = "Test^Firstname"
ds.PatientID = "123456"

ds.Modality = "MR"
ds.SeriesInstanceUID = pydicom.uid.generate_uid()
ds.StudyInstanceUID = pydicom.uid.generate_uid()
ds.FrameOfReferenceUID = pydicom.uid.generate_uid()

ds.BitsStored = 16
ds.BitsAllocated = 16
ds.SamplesPerPixel = 1
ds.HighBit = 15

ds.ImagesInAcquisition = "1"

ds.Rows = image2d.shape[0]
ds.Columns = image2d.shape[1]
ds.InstanceNumber = 1

ds.ImagePositionPatient = r"0\0\1"
ds.ImageOrientationPatient = r"1\0\0\0\-1\0"
ds.ImageType = r"ORIGINAL\PRIMARY\AXIAL"

ds.RescaleIntercept = "0"
ds.RescaleSlope = "1"
ds.PixelSpacing = r"1\1"
ds.PhotometricInterpretation = "MONOCHROME2"
ds.PixelRepresentation = 1

pydicom.dataset.validate_file_meta(ds.file_meta, enforce_standard=True)

print("Setting pixel data...")
ds.PixelData = image2d.tobytes()

ds.save_as(r"out.dcm")

注意以下几点:

• 按照 PyDicom 文档的建议通过 FileDataset 构造函数无法为我创建有效的 header
• validate_file_meta 将为您(版本)在 header 中创建一些缺失的元素
• 您需要指定字节顺序和显式/隐式 VR 两次:/
• 只要相应地为每个切片更新 ImagePositionPatient 和 InstanceNumber，此方法将允许您创建有效体积
• 确保您的 numpy 数组转换为与您的 BitsStored 具有相同位数的数据格式