c++ - 带有英特尔 MKL 多线程的 Rcpp

Question

我编写了一个 C++ 共享库，它使用 Intel MKL 进行 BLAS 操作，它的线程非常漂亮，使用了机器的所有 12 个内核。我现在正尝试使用 RCpp 从我的库中调用一个函数，我发现它是单线程的。对于相同的数据，当从 C++ 调用相同的函数时，它会非常快地使用所有 12 个内核，而当 Rcpp 调用它时，它是单线程的并且需要更长的时间(但结果是一致的)。

英特尔 MKL 因此动态链接到我的库:

生成文件:

LIBRARIES=-lpthread -Wl,--no-as-needed -L<directory>bin -liomp5 -L<bin_directory> -lmkl_mc3 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_gnu_thread -ldl  -lmkl_core  -lm  -DMKL_ILP64  -fopenmp
LFLAGS=-O3 -I/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/include -std=c++0x -m64

#Compiles the shared library
g++ -fPIC -shared <cpp files> -oliblibrary.so  $(LIBRARIES) -O3 -I/opt/intel/composer_xe_2015/mkl/include -std=c++0x -m64

#Compile a controller for R, so that it can be loaded as dyn.load()
PKG_LIBS='`Rscript -e "Rcpp:::LdFlags() $(LIBRARIES) $(LFLAGS)"`' \
PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` $(LIBRARIES) $(LFLAGS) ' \
R CMD SHLIB fastRPCA.cpp -o../bin/RProgram.so -L../bin -llibrary

然后我在 R 中调用它:

dyn.load("fastRPCA.so", local=FALSE);

请注意，我不希望将 MKL 设置为 R 的 BLAS/LAPACK 替代方案，这样当其他人使用此代码时，他们不必为所有 R 更改它。因此，我只是尝试使用它在 C 代码中。

如何使程序在 Rcpp 中成为多线程，就像在 R 之外运行时一样？

基于 this讨论，我担心这是不可能的。但是，我想问一下，因为我相信既然英特尔 MKL 使用了 OpenMP，也许有某种方法可以让它工作。

Answer 1

使用 R 代码基本上有两个规则:

1. 创建一个包。

2. 遵循规则 1。

如果您忽视这些，您的生活就会变得艰难。

此外，CRAN 上有许多使用 OpenMP 的软件包 — 研究这些软件包。您需要了解和了解线程设置——例如参见 RhpcBLASctl执行此操作的包。

最后，您当然可以直接将 R 与 MKL 连接起来；见the gcbd package and its vignette .

三年后编辑:参见this post有关在 .deb 系统上轻松安装 MKL 的详细信息