python /赛通 : Using SciPy with Cython

Question

Cython 教程展示了一个很好的示例，说明如何将 Numpy 与 Cython 结合使用。但是，我有使用 scipy.stats 包的代码，在尝试编译代码时，出现如下错误:

dvi.pyx:7:8: 'scipy.stats.pxd' not found

我担心 Cython(？)不支持 scipy。有人可以评论在 Cython 中使用 scipy 或指出一些资源/教程的方向吗？谢谢!

Answer 1

所以我在 Cython Google Group ( https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!searchin/cython-users/using$20scipy/cython-users/CF9GqYN1aPU/WKC-N9c6zpgJ ) 上找到了代码

将以下内容显示为导入:

import pylab as PL
from scipy import integrate
from scipy import optimize
from scipy.integrate import odeint

import numpy as np
cimport numpy as np
cimport cython

这让我有信心使用 SciPy 进行编译。添加 cimport cython 语句时，我收到以下编译错误:

dvi.c:237:31: error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory
dvi.c:238:31: error: numpy/ufuncobject.h: No such file or directory

似乎存在路径或目录问题。事实上我是对的，这个网站上有一个帖子(My Cython code parses into C, but doesn't compile. First time trying to use external C code)

解决方案是将以下内容添加到我的 setup.py 文件中:

import numpy 
...
Extension(..., include_dirs = [numpy.get_include(), ... ] )

W00t!