python - 将 python 与 knitr 一起使用

Question

我想将 python 与 knitr 一起使用。然而，python block 似乎是单独评估的，并且变量定义在 block 之间丢失。

如何解决？

最小的例子:

测试.pymd

---
title: "Minimal example"
---

With a print statement.

```{r hello}
x = 'Hello, Python World!'
print(x)
```

Without a print statement.

```{r world}
print(x)
```

测试.md

---
title: "Minimal example"
---

With a print statement.


```python
x = 'Hello, Python World!'
print(x)
```

```
Hello, Python World!
```

Without a print statement.


```python
print(x)
```

```
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
NameError: name 'x' is not defined
```

knit2py.r

#! /usr/bin/Rscript --vanilla

args <- commandArgs(TRUE)

if(length(args) < 1) {
    message("Need arguments in the format: %.pymd [%.md]")
    q(status=1)
}

name <- substr(args[1],1,nchar(args[1])-4)

if(length(args) < 2) {
    args[2] <- paste0(name,".md")
}

library(knitr)
opts_chunk$set(engine = 'python')

res <- try(knit(args[1], args[2]))

if(inherits(res, "try-error")) {
    message("Could not successfully knit RMD (or PYMD) to MD")
    q(status=1)
} else q()

现在运行:

./knit2py.r test.pymd test.md 

Answer 1

是的，确实，knitr 目前无法为 R 以外的语言评估跨多个 block 的代码拉伸(stretch)。解决方案不是使用 knitr，而是使用 pweave。对源文件的修改很少:

测试.mdw

---
title: "Minimal example"
---

With a print statement.

<<>>=
x = 'Hello, Python World!'
print(x)
@

Without a print statement.

<<>>=
print(x)
@

The end.

现在运行:

pweave -f pandoc test.mdw

pweave 上有注释的网站上说使用 python3 的 pip 安装会失败。不过，我在简单运行时完全没有问题:

pip install pweave
pip install markdown

也许，这只是一张旧纸条。