python - networkx/igraph (Python) 上的指定边长

Question

我想用我拥有的数据可视化一个网络，并想用特定的边长来绘制它们。我使用 Python，我尝试过 networkx 和 igraph 来绘制，但似乎都分配了固定的边长。

a.) 我想知道我是不是代码写错了，或者这些包真的没有能力。您如何为 networkx 或 igraph 正确实现指定的边长？

b.) 如果 networkx 和 igraph 做不到，您可以推荐什么包？ (最好能承载8万个节点以上。)

谢谢!

Answer 1

这应该有效:

import networkx as NX
import pygraphviz as PG

G = PG.AGraph()
nlist = "A B C D E".split()
a, b = "A A B", "B C D"
elist = zip(a.split(), b.split())

G.add_nodes_from(nlist)
G.add_edges_from(elist)
G.node_attr.update(color="red", style="filled")
G.edge_attr.update(color="blue", len="2.0", width="2.0")

print(G.edge_attr)
# returns {'color': 'red', 'width': '', 'len': '2.0'}

# add new edge with custom length (all others have length=2.0):
G.add_edge("C", "E", len="3.0", color="blue", width="2.0")

edge = G.get_edge("C", "E")
print(edge_attr)
# returns {'color': 'blue', 'width': '2.0', 'len': '3.0'}

# and you can confirm that introspection by drawing & printing this graph:
G.draw('somefolderandfilename.png', format='png', prog='neato')

大多数图形绘制算法都使用某些版本的 SMACOF，这当然会改变边长；然而，graphviz 布局引擎“neato”(作为上面“draw”的第二个参数提供)应该尽可能保留用户设置的边长。

我在这里使用的库当然足够坚固，可以处理 80,000 个节点。