python - 为什么 SciPy 使用 Fisher 精确检验对极小的 p 值返回负 p 值？

Question

我注意到如果 p 值极小，SciPy 中的 Fisher 精确检验会返回负 p 值:

>>> import scipy as sp
>>> import scipy.stats
>>> x = [[48,60],[3088,17134]]
>>> sp.stats.fisher_exact(x)
(4.4388601036269426, -1.5673906617053035e-11)

在 R 中，使用相同的 2x2 列联表:

> a = matrix(c(48,60,3088,17134), nrow=2)
> fisher.test(a)
p-value = 6.409e-13

我的问题是 1) 为什么 SciPy 返回负 p 值？ 2) 如何使用 SciPy 生成正确的 p 值？

感谢您的帮助。

Answer 1

Fisher 精确检验使用超几何分布。

您使用的 scipy 版本使用了不是很精确的超几何分布的实现。这是 known problem并已在 scipy 存储库中修复。