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我很困惑如何从 scikit-survival 中的拟合 CoxnetSurvivalAnalysis
模型解释 .predict
的输出。我已经通读了笔记本Intro to Survival Analysis in scikit-survival和 API 引用,但找不到解释。以下是导致我感到困惑的最小示例:
import pandas as pd
from sksurv.datasets import load_veterans_lung_cancer
from sksurv.linear_model import CoxnetSurvivalAnalysis
# load data
data_X, data_y = load_veterans_lung_cancer()
# one-hot-encode categorical columns in X
categorical_cols = ['Celltype', 'Prior_therapy', 'Treatment']
X = data_X.copy()
for c in categorical_cols:
dummy_matrix = pd.get_dummies(X[c], prefix=c, drop_first=False)
X = pd.concat([X, dummy_matrix], axis=1).drop(c, axis=1)
# display final X to fit Cox Elastic Net model on
del data_X
print(X.head(3))
所以这是进入模型的 X:
Age_in_years Celltype Karnofsky_score Months_from_Diagnosis \
0 69.0 squamous 60.0 7.0
1 64.0 squamous 70.0 5.0
2 38.0 squamous 60.0 3.0
Prior_therapy Treatment
0 no standard
1 yes standard
2 no standard
...继续拟合模型并生成预测:
# Fit Model
coxnet = CoxnetSurvivalAnalysis()
coxnet.fit(X, data_y)
# What are these predictions?
preds = coxnet.predict(X)
preds
具有与 X
相同的记录数,但它们的值与 data_y
中的值有很大不同,即使在他们适合的相同数据。
print(preds.mean())
print(data_y['Survival_in_days'].mean())
输出:
-0.044114643249153422
121.62773722627738
那么 preds
到底是什么?显然 .predict
在这里的意思与 scikit-learn 中的意思很不一样,但我不知道是什么。 API Reference说它返回“预测的决策函数”,但这是什么意思?对于给定的 X
,我如何获得 yhat
月的预测估计值?我是生存分析的新手,所以我显然遗漏了一些东西。
最佳答案
我发布了这个问题 on github ,尽管作者将问题重命名为问题。
我对 predict
输出的内容做了一些有用的解释,但仍然不确定如何获得一组预测的生存时间,这才是我真正想要的。这是来自该 github 线程的一些有用的解释:
predictions are risk scores on an arbitrary scale, which means you can
usually only determine the sequence of events, but not their exact time.
-sebp(库作者)
It [predict] returns a type of risk score. Higher value means higher
risk of your event (class value = True)...You were probably looking
for a predicted time. You can get the predicted survival function with
estimator.predict_survival_function as in the example 00
notebook...EDIT: Actually, I’m trying to extract this but it’s been a
bit of a pain to munge
-pavopax。
github 线程中有更多解释,但我并不能完全理解所有解释。我需要尝试使用 predict_survival_function
和 predict_cumulative_hazard_function
看看我是否可以在 X
中逐行得出一组最有可能生存时间的预测,这才是我真正想要的。
我不会在这里接受这个答案,以防其他人有更好的答案。
关于python - 如何从 python 中的拟合 scikit 生存模型解释 .predict() 的输出?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/47274356/
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