python - 如何使用 `h5py` 调整 HDF5 阵列的大小

Question

如何使用 h5py Python 库调整 HDF5 数组的大小？

我已经尝试使用 .resize 方法并在 chunks 设置为 True 的数组上。 las，我仍然缺少一些东西。

In [1]: import h5py

In [2]: f = h5py.File('foo.hdf5', 'w')

In [3]: d = f.create_dataset('data', (3, 3), dtype='i8', chunks=True)

In [4]: d.resize((6, 3))
/home/mrocklin/Software/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/dataset.pyc in resize(self, size, axis)
--> 277         self.id.set_extent(size)
ValueError: unable to set extend dataset (Dataset: Unable to initialize object)

In [11]: h5py.__version__ 
Out[11]: '2.2.1'

Answer 1

正如 Oren 所提到的，如果您想稍后更改数组大小，则在创建 dataset 时需要使用 maxshape。将维度设置为 None 允许您稍后将该维度的大小调整为 2**64(h5 的限制):

In [1]: import h5py

In [2]: f = h5py.File('foo.hdf5', 'w')

In [3]: d = f.create_dataset('data', (3, 3), maxshape=(None, 3), dtype='i8', chunks=True)

In [4]: d.resize((6, 3))

In [5]: h5py.__version__
Out[5]: '2.2.1'

参见 docs了解更多。