python - Scipy 错误 : numpy. dtype 大小已更改，可能表示二进制不兼容(以及相关的奇怪行为)

Question

我正在 OS X 10.9.4 上安装 numpy/scipy/scikit-learn，但收到有关“numpy.dtype 大小已更改，可能表明二进制不兼容”的错误。

这是我构建 repo 所做的工作:

mkvirtualenv thm
workon thm
pip install numpy scipy pandas ipython # and some other stuff
cd /path/to/our/repo
# run tests

这是相关警告的回溯摘录(由于我们在测试开始时使用了 warnings.simplefilter('error') 而变成了错误):

======================================================================
ERROR: Failure: RuntimeWarning (numpy.dtype size changed, may indicate binary in
compatibility)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py",
 line 414, in loadTestsFromName
    addr.filename, addr.module)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 47, in importFromPath
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 94, in importFromDir
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)
  File "/Users/ben/code/thm/alpha/prosper/base/stats/test_auc.py", line 3, in <m
odule>
    import sklearn.metrics
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/
__init__.py", line 6, in <module>
    from .metrics import (accuracy_score,
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 27, in <module>
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 90, in <module>
    from .ckdtree import *
  File "__init__.pxd", line 155, in init scipy.spatial.ckdtree (scipy/spatial/ckdtree.c:20570)
RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility

有人告诉我这个警告是由于 scipy 是针对与安装版本不同的 numpy 版本编译的。但是，我以我认为非常标准的方式使用 pip 安装了它们，所以我认为这应该不是问题。

奇怪的是，尽管作为一个整体运行我们的整个测试套件(通过 python -m unittest discover )会出现这些错误，但运行单独的测试(通过 python -m unittest <module> )工作正常。

根据测试，这里有一些相关的版本信息:

numpy version 1.9.0 (rev 07601a64cdfeb1c0247bde1294ad6380413cab66)
scipy version 0.14.0 (built against numpy 1.9.0)
sklearn version 0.15.2
pandas version 0.14.1

很高兴根据要求提供更多信息!

Answer 1

您是如何构建 sklearn 0.14.1 的？您是否使用与 scipy 相同版本的 numpy 来构建它？

最新版本的 scikit-learn、scipy 和 numpy 具有预构建包。特别是 scikit-learn 0.15.2 应该与 numpy 1.7+ 二进制兼容。我认为 scipy 0.14.0 也是如此，但你说你自己从源代码构建它，这不是 pip 默认应该做的(它应该只安装预构建的 whl 包)。

编辑:您是否尝试过:

pip install -U scipy scikit-learn pandas

确保您为这些软件包使用最新稳定版本的 whl？

编辑:下面的评论包含有效的实际答案，并且大概是接受该答案的原因。即:

pip uninstall -y scipy scikit-learn
pip install --no-binary scipy scikit-learn