python - 使用 python 从 PubMed 获取数据

Question

我有一个 PubMed 条目列表以及 PubMed ID。我想创建一个 python 脚本或使用接受 PubMed id 号作为输入的 python，然后从 PubMed 网站获取摘要。

到目前为止，我已经接触过 NCBI Eutilities 和 Python 中的 importurl 库，但我不知道应该如何编写模板。

任何指针将不胜感激。

谢谢，

Answer 1

使用 Biopython的模块称为 Entrez ，您可以很容易地获得摘要以及所有其他元数据。这将打印摘要:

from Bio.Entrez import efetch

def print_abstract(pmid):
    handle = efetch(db='pubmed', id=pmid, retmode='text', rettype='abstract')
    print handle.read()

这里是一个函数，它将获取 XML 并只返回摘要:

from Bio.Entrez import efetch, read

def fetch_abstract(pmid):
    handle = efetch(db='pubmed', id=pmid, retmode='xml')
    xml_data = read(handle)[0]
    try:
        article = xml_data['MedlineCitation']['Article']
        abstract = article['Abstract']['AbstractText'][0]
        return abstract
    except IndexError:
        return None

附言我实际上需要在实际任务中做这类事情，所以我将代码组织到一个类中 -- see this gist .