python - hdf5/h5py ImportError : libhdf5. so.7

Question

我正在 RHEL 6.3 (x86_64) 系统上开展一个涉及网络消息队列(msgpack、zmq 等)的项目。我正在安装最新的 glib、gevent、pygobject、pygtk 等软件包，以便让 pylab/matplotlib 工作(也没有成功)。

放弃后我回到了我的代码，不知何故我设法破坏了我的 hdf5/h5py 安装 - h5py 在导入时找不到 libhdf5.so.7。我立即在 RHEL 6.3 (x86_64) 上的/usr/local/hdf5 中重新安装了 hdf5-1.8.9，如下所示:

./configure --prefix=/usr/local/hdf5
make
make check
sudo make install
make check install

这似乎工作得很好。然后我去重新安装 h5py(在 python 2.7.3 中):

python2.7 setup.py build --hdf5=/usr/local/hdf5/
python2.7 setup.py test   # optional
# sudo python2.7 setup.py install

无法在测试中导入 _errors 文件，如下所示:

======================================================================
ERROR: _hl.tests.test_attrs_data (unittest.loader.ModuleImportFailure)
----------------------------------------------------------------------
ImportError: Failed to import test module: _hl.tests.test_attrs_data
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 252, in _find_tests
    module = self._get_module_from_name(name)
  File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 230, in _get_module_from_name
    __import__(name)
  File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/_hl/tests/test_attrs_data.py", line 5, in <module>
    import h5py
  File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/__init__.py", line 1, in <module>
    from h5py import _errors
ImportError: libhdf5.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory


----------------------------------------------------------------------
Ran 12 tests in 0.001s

FAILED (errors=12)

在我安装上述包/tarball 之前，h5py 工作正常，而且我不记得接触过任何看起来像 hdf5 的东西。有什么想法吗？

编辑:尝试定位文件只会在我解压它的位置显示它:

cronburg@rhel:~/Downloads/h5py-2.0.1$ locate libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7.0.3
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7.0.3

Answer 1

看看: http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/3/srodzaj/1/search/libhdf5.so.7()(64bit)

或者应该尝试这个 repo:https://ius.io/Packages/

我更喜欢始终以包格式使用最新的 python 版本。

https://dl.iuscommunity.org/pub/ius/stable/Redhat/6/x86_64/repoview/python27.html

sudo yum install -y https://centos6.iuscommunity.org/ius-release.rpm
sudo yum install -y python27
sudo yum install -y python27-devel

做一个 pip install 并开心:

$ sudo pip install h5py
Installing collected packages: h5py
Successfully installed h5py-2.6.0