python - 可能存在冲突的 python 安装

Question

我不确定默认的 python 安装是否是我一直在安装模块的那个，以及这是否可能是导致 Unicode 字节大小兼容性错误冲突的原因。简而言之，我已经使用 Python 2.7.3 安装了 Numpy 1.7，当我尝试安装使用 Python 和 Numpy 作为依赖项的其他程序时，出现此错误:

Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 20, in <module>
    from weblogolib import __version__
  File "/home/chris/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 108, in <module>
    from numpy import array, asarray, float64, ones, zeros, int32,all,any, shape
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
from type_check import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
import numpy.core.numeric as _nx
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
import multiarray
ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsUnicodeEscapeString

所以我想我的 unicode 字节大小存在冲突(2 字节与 4 字节)。我去检查我是否有可能导致困惑的 Python 版本冲突。

python --version
Python 2.7.3

但这似乎与

which python
/usr/local/bin/python

当我转到 /usr/local/bin 时，我找到了这些文件(与 python 相关):

python
python2
python2.7
python-config
python2-config
python2.7-config

现在我已经将 numpy 安装到 /usr/lib/python2.7/dist-packages 的 dist-packages 目录中，这对应于我为 python --version< 获得的内容。但是，当我尝试 which python 并获取 python 而不是 python2.7 的目录时，我担心这可能会与我发生冲突尝试安装使用 python 和 numpy 作为依赖项的程序。

所以我想澄清我的问题:这些普通文件是为 python 安装找到的，还是我以某种方式安装了三个不同的版本？他们会不会用无法识别的符号导致我的错误？如果它们确实是无关的版本，有没有办法卸载？

感谢您提供的任何帮助!

哦，这是我之前遇到的一个问题的链接，我在其中编辑了 PYTHONPATH，同时尝试修复我遇到的 ImportError，如果这可能会影响事情...... ImportError: No module named numpy

以下是尝试 virtualenv 的结果:

chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ virtualenv weblogo-3.3
New python executable in weblogo-3.3/bin/python
Installing setuptools.............done.
Installing pip...............done.
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ cd weblogo-3.3
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ source bin/activate
(weblogo-3.3)chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ pip install numpy
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): numpy in /usr/lib/python2.7/dist-packages
Cleaning up...

Answer 1

问题确实似乎是 Python 和 Numpy 的编译设置不匹配。

/usr/local/bin 是安装自定义 Python 的地方，您应该尝试使用/usr/bin/python 来运行。

另一种解决方案是使用 virtualenv。试试这个:

virtualenv myproject
cd myproject
source bin/activate
pip install numpy

基本上，virtualenv 在“myproject”目录中使用它自己的包设置了不同的 Python 安装。运行“激活”命令会告诉系统您要使用此安装而不是默认系统。这使您可以为不同的项目提供不同的 Python 环境。使用 virtualenv，每个项目都可以拥有自己的 Python 包版本，即使它们与其他项目或系统包不兼容。

请注意，每次您打开一个新的 shell 并想要使用该虚拟环境时，您都必须重复“source”命令。此外，您可能必须使用操作系统包管理器安装 virtualenv 命令。如果这不可能(例如，您没有 root 访问权限)或者您的操作系统版本由于某种原因太旧，您也可以从 https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/ 手动下载它。

如果你执行 ls -l/usr/local/bin/python* 你应该看到 python 和 python2 实际上是 python2.7 的符号链接(symbolic link)，同样 python-config 和 python2-config 是 python2.7-config 的符号链接(symbolic link).