python - 使用Python从图片中查找彩色形状的数量

Question

我的问题与从图片中识别颜色有关。在做微生物学时，我需要计算用显微镜相机拍摄的照片上存在的细胞核数量。我使用 GIMP 用红色点标记细胞核。现在我需要用 python 编写一个脚本，给定一个图像，它会告诉我有多少个红点。除了点之外，图片中没有红色。

我想到了一个相当复杂的解决方案，这可能不是最好的解决方案:拍摄一张照片并开始遍历像素检查每个像素的颜色。如果是红色，检查所有 8 个最近的像素，再次递归检查每个红色的邻居，直到找不到更多相邻的红色像素。然后将核数加一并标记遍历的像素，这样它们就不会被再次迭代。然后从停止的地方继续迭代。看起来有点沉重，所以我想我会问，也许有人已经更优雅地处理过类似的问题。

问候，砂光机

Answer 1

计数细胞核

代码改编自Python Image Tutorial .从教程中输入带有细胞核的图像:

#!/usr/bin/env python
import scipy
from scipy import ndimage

# read image into numpy array
# $ wget http://pythonvision.org/media/files/images/dna.jpeg
dna = scipy.misc.imread('dna.jpeg') # gray-scale image


# smooth the image (to remove small objects); set the threshold
dnaf = ndimage.gaussian_filter(dna, 16)
T = 25 # set threshold by hand to avoid installing `mahotas` or
       # `scipy.stsci.image` dependencies that have threshold() functions

# find connected components
labeled, nr_objects = ndimage.label(dnaf > T) # `dna[:,:,0]>T` for red-dot case
print "Number of objects is %d " % nr_objects

# show labeled image
####scipy.misc.imsave('labeled_dna.png', labeled)
####scipy.misc.imshow(labeled) # black&white image
import matplotlib.pyplot as plt
plt.imsave('labeled_dna.png', labeled)
plt.imshow(labeled)

plt.show()

输出

Number of objects is 17