python - 使用 h5py 创建的 HDF5 文件无法通过 h5py 打开

Question

我在 Ubuntu 12.04(32 位版本)下创建了一个 HDF5 文件，显然没有任何问题，使用 Anaconda 作为 Python 发行版并在 ipython 笔记本中编写。底层数据都是numpy数组。例如，

import numpy as np
import h5py

f = h5py.File('myfile.hdf5','w')

group = f.create_group('a_group')

group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')

但是，如果我尝试从一个新的 iypthon 笔记本打开这个文件，我会收到一条错误消息:

f = h5py.File('myfile.hdf5', "r")

---------------------------------------------------------------------------
IOError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-b64ac5089cd4> in <module>()
----> 1 f = h5py.File(file_name, "r")

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.pyc in __init__(self, name, mode, driver, libver, userblock_size, **kwds)
    220 
    221             fapl = make_fapl(driver, libver, **kwds)
--> 222             fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl)
    223 
    224         Group.__init__(self, fid)

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.pyc in make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, fcpl)
     77 
     78     if mode == 'r':
---> 79         fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDONLY, fapl=fapl)
     80     elif mode == 'r+':
     81         fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDWR, fapl=fapl)

/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/h5f.so in h5py.h5f.open (h5py/h5f.c:1741)()

IOError: Unable to open file (Unable to find a valid file signature)

你能告诉我丢失的文件签名是什么吗？我在创建文件时是否遗漏了什么？

Answer 1

由于我们在我的问题的评论中解决了这个问题，所以我将结果写在这里以将其标记为已解决。

主要问题是我在创建文件后忘记关闭它。本来有两个简单的选择，要么:

import numpy as np
import h5py

f = h5py.File('myfile.hdf5','w')
group = f.create_group('a_group')
group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')
f.close()

或者，我最喜欢的，因为文件会自动关闭:

import numpy as np
import h5py

with h5py.File('myfile.hdf5','w') as f:
    group = f.create_group('a_group')
    group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')