python - 如何读取/打印(_io.TextIOWrapper)数据？

Question

我想使用以下代码 > 打开一个文件 > 读取内容并去除不需要的行 > 然后将数据写入文件并读取文件以供下游分析。

with open("chr2_head25.gtf", 'r') as f,\
    open('test_output.txt', 'w+') as f2:
    for lines in f:
        if not lines.startswith('#'):
            f2.write(lines)
    f2.close()

现在，我想读取 f2 数据并在 pandas 或其他模块中进行进一步处理，但在读取数据 (f2) 时遇到问题。

data = f2 # doesn't work
print(data) #gives
<_io.TextIOWrapper name='test_output.txt' mode='w+' encoding='UTF-8'>

data = io.StringIO(f2)  # doesn't work
# Error message
Traceback (most recent call last):
  File "/home/everestial007/PycharmProjects/stitcher/pHASE-Stitcher-Markov/markov_final_test/phase_to_vcf.py", line 64, in <module>
data = io.StringIO(f2)
TypeError: initial_value must be str or None, not _io.TextIOWrapper

Answer 1

文件已经关闭(当前面的 with block 结束时)，所以您不能再对文件做任何事情。要重新打开文件，请创建另一个 with 语句并使用 read 属性读取文件。

with open('test_output.txt', 'r') as f2:
    data = f2.read()
    print(data)