python - 如何通过 h5py 读取 v7.3 mat 文件？

Question

我有一个由 matlab 创建并存储在 v7.3 格式的 mat 文件中的结构数组:

struArray = struct('name', {'one', 'two', 'three'}, 
                   'id', {1,2,3}, 
                   'data', {[1:10], [3:9], [0]})
save('test.mat', 'struArray', '-v7.3')

现在我想使用 h5py 通过 python 读取这个文件:

data = h5py.File('test.mat')
struArray = data['/struArray']

我不知道如何从 struArray 中一个一个地获取结构数据:

for index in range(<the size of struArray>):
    elem = <the index th struct in struArray>
    name = <the name of elem>
    id = <the id of elem>
    data = <the data of elem>

Answer 1

Matlab 7.3 文件格式不太容易与 h5py 一起使用。它依赖于 HDF5 引用，cf。 h5py documentation on references .

>>> import h5py
>>> f = h5py.File('test.mat')
>>> list(f.keys())
['#refs#', 'struArray']
>>> struArray = f['struArray']
>>> struArray['name'][0, 0]  # this is the HDF5 reference
<HDF5 object reference>
>>> f[struArray['name'][0, 0]].value  # this is the actual data
array([[111],
       [110],
       [101]], dtype=uint16)

读取struArray(i).id:

>>> f[struArray['id'][0, 0]][0, 0]
1.0
>>> f[struArray['id'][1, 0]][0, 0]
2.0
>>> f[struArray['id'][2, 0]][0, 0]
3.0

请注意，Matlab 将数字存储为大小为 (1, 1) 的数组，因此最终 [0, 0] 会获取该数字。

读取struArray(i).data:

>>> f[struArray['data'][0, 0]].value
array([[  1.],
       [  2.],
       [  3.],
       [  4.],
       [  5.],
       [  6.],
       [  7.],
       [  8.],
       [  9.],
       [ 10.]])

要读取struArray(i).name，需要将整数数组转换为字符串:

>>> f[struArray['name'][0, 0]].value.tobytes()[::2].decode()
'one'
>>> f[struArray['name'][1, 0]].value.tobytes()[::2].decode()
'two'
>>> f[struArray['name'][2, 0]].value.tobytes()[::2].decode()
'three'