c - 在 C 中将文本文件的特定部分作为字符串读取？

Question

我正在编写代码来读取包含 DNA 碱基的大量文本文件，我需要能够提取特定部分。该文件如下所示:

TGTTCCAGGCTGTCAGATGCTAACCTGGGG
TCACTGGGGGTGTGCGTGCTGCTCCAGCCT
GTTCCAGGATATCAGATGCTCACCTGGGGG

...

每行30个字符。

我有一个单独的文件指示这些部分，这意味着我有一个start 值和一个end 值.因此，对于每个 start 和 end 值，我需要在文件中提取相应的字符串。例如，如果我有 start=10，end=45，我需要存储从第一行 (C) 的第 10 个字符开始并结束于单独的临时文件中第二行 (C) 的第 15 个字符。

我尝试使用如下所示的 fread 函数对包含上述几行字母的测试文件进行测试。参数为 start=1，end=90，生成的文件如下所示:

TGTTCCAGGCTGTCAGATGCTAACCTGGGG
TCACTGGGGGTGTGCGTGCTGCTCCAGCCT
GTTCCAGGATATCAGATGCTCACCTGGG™eRV

每次运行都会在最后给出随机字符。

代码:

FILE* fp;
fp=fopen(filename, "r");
if (fp==NULL) puts("Failed to open file");

int start=1, end=90;
char string[end-start+2]; //characters from start to end = end-start+1

fseek(fp, start-1, SEEK_SET);

fread(exon,1, end-start+1, fp);

FILE* tp;
tp=fopen("exon", "w");
if (tp==NULL) puts("Failed to make tmp file");

fprintf(tp, "%s\n", string);
fclose(tp);

我无法理解 fread 如何处理\n 字符，所以我尝试用以下内容替换它:

int i=0;
char ch;
while (!feof(fp))
{
            ch=fgetc(fp);

            if (ch != '\n') 
            {
                string[i]=ch;
                i++;
                if (i==end-start) break;
            }

}
string[end-start+1]='\0';

它创建了以下文件:TGTTCAGGCTGTCAGATGCTAACCTGGGGTCACTGGGGTGTGCGTGCTGCTCCAGCCTGTTCCAGGATATCAGATGCTCACCTGGGGô

(没有任何换行符，我不介意)。每次运行，我都会得到一个不同的随机字符，而不是“G”。

我做错了什么？有没有办法用 fread 或其他功能来完成它？

提前谢谢你。

Answer 1

我已经修改了您的代码并添加了注释以进行解释。

请仔细阅读。您忽略了错误检查，代码中几乎没有 undefined variable 。

我已经从 if block 返回失败，goto` 会更合适。

请引用this comment是否将 1 个字符或 2 个字符添加到 start 和 end。

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>

int main()
{
        FILE* fp;
        // fp = fopen(filename, "r");
        // since the filename is undeclared i have used hard coded file name
        fp = fopen("dna.txt", "r");
        // Nothing wrong in performing error checking
        if (fp == NULL) {
                puts("Failed to open file");
                return -1; 
        }

        // Make sure start is not 0 if you want to use indices starting from 1
        int start = 1, end = 90; 

        // I would adjust the start and end index by adding count of '\n' or '\r\n' to the start and end
        // Here I am adjusting for '\n' i.e 1 char
        // since you have 30 chars so hardcoding it.
        int m = 1; // m depends on whether it is \n or \r\n
                   // 1 for \n and 2 for \r\n
        --start; --end; // adjusting indexes to be 0 based
        if (start != 0)
                start = start + (start / 30) * m;   // start will be 0
        if (end != 0)
                end = end + (end / 30) * m;         // start will be 93

        // lets declare the chars to read
        int char_to_read = end - start + 1;

        // need only 1 extra char to append null char
        // If start and end is going to change, then i would suggest using malloc instead of static buffer
        // because compiler cannot predict the memory to allocate to the buffer if it is dependent on external factor
        // char string[char_to_read + 1]; //characters from start to end = end-start+1

        char *string = malloc(char_to_read + 1); 
        if (string == NULL) {
                printf("malloc failed\n");
                fclose(fp);
                return -2;
        }

        // zero the buffer
        memset(string, 0, char_to_read + 1); 

        int rc = fseek(fp, start, SEEK_SET);
        if (rc == -1) {
                printf("fseek failed");
                fclose(fp);
                return -1;
        }

        // exon is not defined, and btw we wanted to read in string.
        int bytes_read = fread(string, 1, char_to_read, fp);

        // Lets check if there is any error after reading
        if (bytes_read == -1) {
                fclose(fp);
                return -1; 
        }

        // Now append the null char to the end
        string[bytes_read] = 0;
        printf("%s\n", string);
        fclose(fp);

        // free the memory once you are done with it
        if (string)
                free(string);


// Now u can write it back to file.
//      FILE* tp;
//      tp=fopen("exon", "w");
//      if (tp==NULL) puts("Failed to make tmp file");

//      fprintf(tp, "%s\n", string);
//      fclose(tp);
}