c - 了解 HDF5 的 slab

Question

首先，请原谅我的非常基本的问题:我正在阅读教程并且已经成功编写了我的第一个 HDF5 数据集。现在，我正在转向 slab，但我发现这样做有困难。

据我了解，我需要获得一个有效的内存空间，选择一个slab，然后写入我的数据。但显然我做错了什么，因为我得到了错误:

HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.14) thread 0:
  #000: H5Dio.c line 271 in H5Dwrite(): can't prepare for writing data
    major: Dataset
    minor: Write failed
  #001: H5Dio.c line 352 in H5D__pre_write(): can't write data
    major: Dataset
    minor: Write failed
  #002: H5Dio.c line 690 in H5D__write(): src and dest data spaces have different sizes
    major: Invalid arguments to routine
    minor: Bad value

显然，我正在尝试写入尺寸错误的数据，但我不知道如何更正它。我的目标是创建一个 20x3 矩阵，并将 second 行设置为 { 10, 20, 30 }:

 0  0  0
10 20 30
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你能帮我理解这个问题吗？我的错误代码在下面!

谢谢!

#include "hdf5.h"

#define FILE "dset.h5"
#define DSET "/dset"

int main() {

  hid_t        file_id, dataset_id, dataspace_id, filespace, memspace;
  hsize_t      dims[2], offset[2], count[2];
  herr_t       status;

  unsigned int dset_data[3] = { 10, 20, 30 };

  /* Create a new file using default properties. */
  file_id = H5Fcreate(FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

  /* Create the data space for the dataset. */
  dims[0] = 20; /* ROWS */
  dims[1] = 3;    /* COLS */
  dataspace_id = H5Screate_simple(2, dims, NULL);

  /* Create the dataset. */
  dataset_id = H5Dcreate2(file_id, DSET, H5T_STD_I32BE, dataspace_id,
                          H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

  /* Get the memory space */
  memspace = H5Dget_space (dataset_id);

  offset[0] = 1; /* ROWS */
  offset[1] = 0; /* COLS */

  count[0]  = 1; /* ROWS */
  count[1]  = 3; /* COLS */

  /* Select the slab */
  status = H5Sselect_hyperslab(memspace, H5S_SELECT_SET,
                               offset, NULL, count, NULL);

  /* Write the dataset. */
  status = H5Dwrite(dataset_id, H5T_NATIVE_INT,
                    memspace, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,
                    dset_data);

  /* End access to the dataset and release resources used by it. */
  status = H5Dclose(dataset_id);

  /* Terminate access to the data space. */
  status = H5Sclose(dataspace_id);

  /* Close the file. */
  status = H5Fclose(file_id);
} 

Answer 1

您的数据在内存中(内存空间)是连续的，但它在文件空间(dataspace_id ).因此，您需要在 dataset_id 而不是 memspace 上进行选择。

并且您需要调整 memspace 的大小以包含足够的空间供您的行使用。在这里，我只创建一个包含 3 个元素的简单一维数据空间。像这样，hyperslab 的大小(3 个元素)和内存中的大小将匹配。