c - 注意带有 R 代码的 C 函数名称

Question

所以这里有点疯狂。

如果您有一些由 R 函数(作为共享对象)调用的 C 代码，请尝试将其添加到代码中

void warn() {

 int i; // just so the function has some work, but you could make it empty to, or do other stuff

}

如果您随后在 R 函数调用的 C 代码中的任何位置调用 warn()，您将遇到段错误；

  *** caught segfault ***
 address 0xa, cause 'memory not mapped'
Traceback:
  1: .C("C_function_called_by_R", as.double(L), as.double(G), as.double(T), as.integer(nrow),     as.integer(ncolL), as.integer(ncolG), as.integer(ncolT),     as.integer(trios), as.integer(seed), as.double(pval), as.double(pval1),     as.double(pval2), as.double(pval3), as.double(pval4), as.integer(ntest),     as.integer(maxit), as.integer(threads), as.integer(quietly))
  2: package_name::R_function(L, G, T, trios)
  3: func()
  4: system.time(func())
  5: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
  6: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
  7: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
  8: tryCatch(expr, error = function(e) {    call <- conditionCall(e)    if (!is.null(call)) {        if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))             call <- sys.call(-4L)        dcall <- deparse(call)[1L]        prefix <- paste("Error in", dcall, ": ")        LONG <- 75L        msg <- conditionMessage(e)        sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]        w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w")        if (is.na(w))             w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L],                 type = "b")        if (w > LONG)             prefix <- paste(prefix, "\n  ", sep = "")    }    else prefix <- "Error : "    msg <- paste(prefix, conditionMessage(e), "\n", sep = "")    .Internal(seterrmessage(msg[1L]))    if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),         TRUE)) {        cat(msg, file = stderr())        .Internal(printDeferredWarnings())    }    invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
  9: try(system.time(func()))
 10: .executeTestCase(funcName, envir = sandbox, setUpFunc = .setUp,     tearDownFunc = .tearDown)
 11: .sourceTestFile(testFile, testSuite$testFuncRegexp)
 12: runTestSuite(testSuite)
 aborting ...
 Segmentation fault (core dumped)
 (END)

不用说，如果您从 C 或 C++ 包装器而不是 R 函数调用相同的函数，代码运行良好。如果您重命名 warn()，它也可以正常工作。

有什么想法吗？这是 protected 名称/符号吗？是否有此类名称的列表？我在 Ubuntu 12.01(i686-pc-linux-gnu(32 位))上使用 R 版本 2.14.1。 C 代码使用 GNU GCC 4.6.3 编译。

Answer 1

这似乎是一个很有趣的问题。这是我的最小示例，在文件 test.c 我有

void warn() {}
void my_fun() { warn(); }

编译然后运行

$ R CMD SHLIB test.c
$ R -e "dyn.load('test.so'); .C('my_fun')"

在我的 linux gcc 版本 4.6.3 中，R 输出是

> dyn.load('test.so'); .C('my_fun')
R: Success
list()

“R: Success”来自 libc 中定义的 warn 函数(参见 man warn，在 err.h 中定义)。发生的事情是 R 理所当然地加载了几个动态库，然后按照指示加载 test.so。当调用 my_fun 时，动态链接器解析 warn，但解析规则是全局搜索 warn 符号，而不仅仅是在测试.so.我真的不知道全局搜索规则是什么，也许是按照打开 .so 的顺序，但无论如何，解决方案都不是我所期望的。

要做什么？指定

static void warn() {}

在创建 .o 时在编译时强制解析，从而避免了该问题。例如，如果 warn 定义在一个文件 (utilities.c) 中，而 my_fun 定义在另一个文件中，这将不起作用。在 Linux 上，dlopen(用于加载共享对象的函数)可以提供标志 RTLD_DEEPBIND，该标志在全局之前在本地进行符号解析，但是 (a) R 不使用dlopen 这样，(b) 有 several (见第9页)对这种做法持保留态度。因此，据我所知，最佳做法是尽可能使用 static，并仔细命名函数以避免名称冲突。后者并不像看起来那么糟糕，因为 R 加载包共享对象使得包符号本身不会添加到全局 namespace (参见 ?dyn.load 和 local 参数，还要注意特定于操作系统的警告)。

我有兴趣听到更强大的“最佳实践”。