linux - 如何在没有 root 权限的情况下安装 Bioconductor 软件包？

Question

我需要使用 BiomaRt，最好是 3.1 版本中的版本。请参阅:http://www.ensembl.info/blog/2015/06/01/biomart-or-how-to-access-the-ensembl-data-from-r/

我尝试按照上述页面中的安装说明在基于 Linux 的服务器上运行该程序。另外，我试过这个:http://www.bioconductor.org/install/#install-R , 但是，除非给予 root 权限，否则它们将无法工作。我已经使用这种方法加载了其他包 https://linuxishbell.wordpress.com/2010/12/10/install-r-package-without-root-accesson-linux/ ，但它们似乎不适合我的情况。最值得推荐的事情是什么？我已经在互联网上搜索过，但在这种情况下，Bioconductor 团队和用户提供的建议很少。

Answer 1

您无需从头开始安装 R 即可在没有 root 权限的情况下安装包。试试这个方法:

module load R

(假设这是集群上的 R，所以现在它在您的路径上，您可以通过键入 R 来输入它)

export R_LIBS_USER=$HOME/apps/R:$R_LIBS_USER

(您仍在使用 Linux 命令行，还没有使用 R)

R

(现在你输入R)

install.packages("packagename")

干得好，它会把包安装到 HOME/apps/R

library(packagename)

(尝试一下，看看它是否有效)