linux - 逐行读取文件并在另一个文件中搜索部分匹配的行

Question

我有一个文件与另一个文件中的行部分匹配。为了做到这一点，我希望生成一个带有读取的 while 循环，并将每行部分匹配的变量替换为 grep 命令以搜索具有部分匹配的数据库文件，但由于某种原因，我没有得到输出(一个空的 outputfile.txt)。

这是我当前的脚本

while read -r line; do
    grep $line /path/to/databasefile >> /path/to/folder/outputfile.txt
done < "/partial_matches.txt"

数据库有多行序列名，然后是 DNA 序列:

 >transcript_ab
 AGTCAGTCATGTC
 >transcript_ac
 AGTCAGTCATGTC
 >transctipt_ad
 AGTCAGTCATGTC

并且部分匹配的搜索文件有几行文本:

 ab
 ac

我正在寻找返回:

 >transcript_ab
 >transcript_ac

如有任何帮助，我们将不胜感激。谢谢。

Answer 1

如果您使用的是 GNU grep，那么它的 -f 选项就是您要寻找的:

grep -f /partial_matches.txt /path/to/databasefile

(如果您在 partial_matches.txt 中没有任何模式而只有字符串，则使用 grep -F 而不是 grep)