linux - bash 语句末尾的 "-;"是什么意思？

Question

例如

bwa sampe ref.fa r1.sai r2.sai r1.fq r2.fq | samtools view -bSho out.bam -;

“-;”的目的是什么？字符在最后？他们在做什么？为什么需要它们？

Answer 1

分号结束命令(结束管道，我相信，从技术上讲是正确的说法)。如果你愿意，你可以在它后面加上另一个命令，如

bwa sampe ref.fa r1.sai r2.sai r1.fq r2.fq | samtools view -bSho out.bam -; echo Here is another command.

否则，分号是无害的，但可能是不必要的。

关于分号之前的 - 连字符，对于 samtools 和许多其他命令，它意味着使用标准输入代替输入文件(或者，在某些情况下, 标准输出代替输出文件)。这是典型的 Linux/Unix 用法。

(感谢@phatfingers 验证了 samtools 命令的使用。)