linux - 使用 SED/Perl 删除字符和删除空行-6ren

linux - 使用 SED/Perl 删除字符和删除空行

转载作者：太空狗更新时间：2023-10-29 11:39:23

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我想从如下所示的数据中删除所有“N”:

>Seq1
NNNNNNNNA
NNNNNNNNN
ATCGGGGGG
NNNNNNNNN
GTCGGGGGG
>Seq2
GATAAAAAA
NNNNNNNNN

以便它返回:

>Seq1
AATCGGGGGGGTCGGGGGG
>Seq2
GATAAAAAA

但为什么这行不通:

sed -e 's/N//g'

解决这个问题的正确方法是什么？

最佳答案

这是我的 Perl 解决方案:

perl -pe 'if (!/^>/) { tr/N\n//d } elsif ($. > 1) { $_ = "\n$_" }' input-file

关于linux - 使用 SED/Perl 删除字符和删除空行，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/8922368/

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