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我有一个 ID 列表(第 2 列),我根据它们的值(第 3 列)从 1 到 600 进行了排名。我有另一个相同 ID 但排名不同的列表,因为它们的值(value)不同。我怎样才能将来自 file2 的第一个 id 列表的排名/顺序与来自 file1 的第一个 id 列表进行比较?例如:
file1:
rank list-of-ids values
1 HOUSAM69708729 0.4468
2 HOCANM106363549 0.4434
3 HOCANM10845509 0.4268
4 HOCANM11098662 0.4203
5 HOUSAM68571374 0.3896
6 HOUSAM69990251 0.3895
7 HONLDM716072164 0.3893
8 HOUSAM69756113 0.3656
9 HOCANM11098658 0.3593
10 HOUSAM66626020 0.3538
file2:
list-of-ids values
HOCANM106363549 0.4832
HOUSAM69708729 0.4199
HOCANM10845509 0.4143
HOUSAM69990251 0.3887
HOCANM11098662 0.3792
HOUSAM69756113 0.365
HOUSAM68571374 0.3649
HONLDM716072164 0.3600
HOUSAM66626020 0.3593
HOCANM11098658 0.3545
输出文件应该是 file2,rank 来自 file1:
output:
rank list-of-ids values
2 HOCANM106363549 0.4832
1 HOUSAM69708729 0.4199
3 HOCANM10845509 0.4143
6 HOUSAM69990251 0.3887
4 HOCANM11098662 0.3792
8 HOUSAM69756113 0.365
5 HOUSAM68571374 0.3649
7 HONLDM716072164 0.3600
10 HOUSAM66626020 0.3593
9 HOCANM11098658 0.3545
有什么建议吗?请注意,真实数据没有任何标题,因此,输出也不应该有标题。
最佳答案
另一种选择,使用 'join'
$ join -1 2 -2 1 -o 1.1,2.1,2.2 <(sort -k 2 file1) <(sort -k 1 file2)
2 HOCANM106363549 0.4832
3 HOCANM10845509 0.4143
9 HOCANM11098658 0.3545
4 HOCANM11098662 0.3792
7 HONLDM716072164 0.3600
10 HOUSAM66626020 0.3593
5 HOUSAM68571374 0.3649
1 HOUSAM69708729 0.4199
8 HOUSAM69756113 0.365
6 HOUSAM69990251 0.3887
ranks list-of-ids values
不可否认,这并不能非常干净地处理 header 。您已经接受了一个解决方案,但我喜欢这个实用程序,而且没有多少人知道它;)
编辑:如果源数据没有任何标题,则此命令效果很好:
$ cat file1
1 HOUSAM69708729 0.4468
2 HOCANM106363549 0.4434
3 HOCANM10845509 0.4268
4 HOCANM11098662 0.4203
5 HOUSAM68571374 0.3896
6 HOUSAM69990251 0.3895
7 HONLDM716072164 0.3893
8 HOUSAM69756113 0.3656
9 HOCANM11098658 0.3593
10 HOUSAM66626020 0.3538
$ cat file2
HOCANM106363549 0.4832
HOUSAM69708729 0.4199
HOCANM10845509 0.4143
HOUSAM69990251 0.3887
HOCANM11098662 0.3792
HOUSAM69756113 0.365
HOUSAM68571374 0.3649
HONLDM716072164 0.3600
HOUSAM66626020 0.3593
HOCANM11098658 0.3545
$ join -1 2 -2 1 -o 1.1,2.1,2.2 <(sort -k 2 file1) <(sort -k 1 file2)
2 HOCANM106363549 0.4832
3 HOCANM10845509 0.4143
9 HOCANM11098658 0.3545
4 HOCANM11098662 0.3792
7 HONLDM716072164 0.3600
10 HOUSAM66626020 0.3593
5 HOUSAM68571374 0.3649
1 HOUSAM69708729 0.4199
8 HOUSAM69756113 0.365
6 HOUSAM69990251 0.3887
如果您的任何一个文件确实包含标题,那么您可以在“排序”之前将它们 grep 出来:
$ cat file1
ranks list-of-ids values
1 HOUSAM69708729 0.4468
2 HOCANM106363549 0.4434
3 HOCANM10845509 0.4268
4 HOCANM11098662 0.4203
5 HOUSAM68571374 0.3896
6 HOUSAM69990251 0.3895
7 HONLDM716072164 0.3893
8 HOUSAM69756113 0.3656
9 HOCANM11098658 0.3593
10 HOUSAM66626020 0.3538
$ cat file2
list-of-ids values
HOCANM106363549 0.4832
HOUSAM69708729 0.4199
HOCANM10845509 0.4143
HOUSAM69990251 0.3887
HOCANM11098662 0.3792
HOUSAM69756113 0.365
HOUSAM68571374 0.3649
HONLDM716072164 0.3600
HOUSAM66626020 0.3593
HOCANM11098658 0.3545
$ join -1 2 -2 1 -o 1.1,2.1,2.2 <(grep -v "list-of-ids" file1 | sort -k 2) <(grep -v "list-of-ids" file2 | sort -k 1)
2 HOCANM106363549 0.4832
3 HOCANM10845509 0.4143
9 HOCANM11098658 0.3545
4 HOCANM11098662 0.3792
7 HONLDM716072164 0.3600
10 HOUSAM66626020 0.3593
5 HOUSAM68571374 0.3649
1 HOUSAM69708729 0.4199
8 HOUSAM69756113 0.365
6 HOUSAM69990251 0.3887
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