linux - 在循环中运行命令时更改输出文件名

Question

我正在使用 Tracer 软件包 ( https://github.com/Teichlab/tracer )。程序调用如下:

tracer assemble [options] <file_1> [<file_2>] <cell_name> <output_directory>

程序在单个数据集上运行，输出转到 /<output_directory>/<cell_name>

我现在要做的是在多个文件上运行这个程序。为此，这就是我所做的:

for filename in /home/tobias/tracer/datasets/test/*.fastq
do
echo "Processing $filename file..."
python tracer assemble --single_end --fragment_length 62 --fragment_sd 1 $filename Tcell_test output; 
done

这在原则上是有效的，但作为 cell_name是静态的，每次迭代都会覆盖前一次迭代的输出。我需要如何更改我的脚本才能为输出文件夹提供输入文件的名称？

例如:输入文件名是tcell1.fastq .对于这个 cell_name 应该是 tcell1 .下一个文件是 tcell2.fastq cell_name 应该是 tcell2 , 等等...

Answer 1

如果我理解正确的话，我认为这可以在 bash 中实现 -

for filename in /home/tobias/tracer/datasets/test/*.fastq
do
  echo "Processing $filename file..."
  basefilename="${filename##*/}"   #<--- 
  python tracer assemble --single_end --fragment_length 62 --fragment_sd 1 "$filename" "${basefilename%.fastq}" output;
  #                                                                                    ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
done

${filename##*/> 删除直到最后一个 / 的部分，${basefilename%.fastq} 删除.fastq 最后。