linux - Perl 系统中的嵌套引号()

Question

我正在尝试修改 perl 脚本。这是我要修改的部分:

原文:

        system ("tblastn -db $BLASTDB -query $TMP/prot$$.fa \\
             -word_size 6 -max_target_seqs 5 -seg yes -num_threads $THREADS -lcase_masking \\
             -outfmt \"7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid\"\\
             > $TMP/blast$$") && die "Can't run tblastn\n";

我正在尝试用以下内容替换系统(“tblastn.....”):

system ("cat $TMP/prot$$.fa | parallel --block 50k --recstart '>' --pipe \\ tblastn -db $BLASTDB -query - -word_size 6 -outfmt \'7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid\' -max_target_seqs 5 -seg yes -lcase_masking > $TMP/blast$$") && die "Can't run tblastn\n";

这用 GNU parallel 替换了普通的 tblastx 程序，它通过管道传输 tblastx 命令。在 bash 中运行上述命令(用实际文件替换临时输入)效果很好，但是当 perl 脚本尝试执行它时，错误日志(对于 tblastx)说它终止得太早，在 sseqids 之后。如果您在 bash 中运行没有转义字符的相同命令，则会发生相同的错误。

因此，我假设错误是由于“7 ssequids sstart...”周围的单引号没有被正确解析。我不确定如何在 perl 中正确地进行嵌套引号。我认为我做对了，因为它通过 bash 而不是通过 perl 脚本工作。我看了很多 perl 文档，所有内容都说转义字符\应该与引号或双引号一起使用。但对于我的实例来说，它不起作用。

有人可以提供有关为什么未处理报价的意见吗？

Answer 1

这里的问题几乎可以肯定是引用插值。每次你“掏空”时，你都会打开另一层引号。它在引号内的作用是一个问题，你是在做一个双引号 " - 它插入，还是一个单引号 ' 然后它把它当作一个文字, 在传递给下一个 shell 之前。

参见 perlop perl 如何引用。我建议您尝试像这样组装一个命令:

my $parallel = q{parallel --block 50k --recstart '>' --pipe};
my $outfmt = q{'7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid'};

print $parallel,"\n";
print $outfmt,"\n";

my $command = "cat $TMP/prot$$.fa | $parallel \\ tblastn -db $BLASTDB -query - -word_size 6 -outfmt $outfmt -max_target_seqs 5 -seg yes -lcase_masking > $TMP/blast$$";

print $command; 
system ( $command );

(显然在将其传递给系统之前检查您的“命令”是否正确)

但是我可以建议一种不同的方法吗？如果不嵌入 cat 和 parallel，您可以在 perl 中本地执行此操作怎么样。

恐怕我并不完全熟悉您正在运行的命令，但它应该是某事，例如:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

open( my $input, "<", "$TMP/prot$$.fa" ) or die $!;

my $fork_manager = Parallel::ForkManager->new($THREADS);

while ( my $line = <$input> ) {
    $fork_manager->start and next;
    chomp $line;
    system(
        "tblastn -db $BLASTDB -query $line \\
                 -word_size 6 -max_target_seqs 5 -seg yes  -lcase_masking \\
                 -outfmt \"7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid\"\\
                 > $TMP/blast$$"
    ) && die "Can't run tblastn\n";
    $fork_manager->finish;
}
close ( $input );

如果输出合并是可取的，我可能会切换到使用线程:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use IPC::Open2;
use threads;
use Thread::Queue; 

my $num_threads = 8; 

my $work_q = Thread::Queue -> new(); 
my $results_q = Thread::Queue -> new(); 

sub worker {
    open2 ( my $blast_out, my $blast_in, "tblastn -db $BLASTDB -query - -word_size 6 -outfmt '7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid' -max_target_seqs 5 -seg yes -lcase_masking");
    while ( my $query = $work_q -> dequeue ) {
        print {$blast_in} $query;
        $results_q -> enqueue ( <$blast_out> ); #one line - you'll need something different for multi-line results.
    }
    close ( $blast_out );
    close ( $blast_in ); 
}

sub collate_results {
    open ( my $output, "$TMP/results.$$" ) or die $!; 
    while ( my $result = $results_q -> dequeue ) {
        print {$output} $result,"\n"; 
    }
    close ( $output ); 
}

my @workers; 
for (1..$num_threads) {
    push ( @workers, threads -> create ( \&worker ) ); 
}

my $collator = threads -> create ( \&collate_results ); 

open( my $input, "<", "$TMP/prot$$.fa" ) or die $!;
while ( my $line = <$input> ) {
    chomp $line;
    $work_q -> enqueue ( $line ); 
}
close ( $input );
$work_q -> end;

foreach my $thr ( @workers ) { 
    $thr -> join(); 
}
$results_q -> end;

$collator -> join; 

现在我明白，这两个可能看起来更复杂。但它们更多地是关于如何将 perl 扩展到并行执行的示例，因为这样做与运行 perl 相比，您拥有更多的范围和灵 active ，但可以“掏空”做事。